关于遗传力常见的误解

大家好,我是邓飞,今天看了一篇非常好的文章,介绍了遗传力相关概念和计算方法,里面提到了常见的误解,这里汇总一下。

文献链接:https://excellenceinbreeding.org/sites/default/files/manual/EiB-M2_Heritability_18-02-20.pdf

在这里插入图片描述

1. 作者和单位

作者:

单位:

2. 文章简洁和目的

在植物育种中,品种需要再多个环境多个年份进行测试,这些试验也叫多环境试验(multi-environment trial, MET),这里的年份、地点以及他们的组合统统成为环境。

为了比较MET试验的准确性,植物育种家常常需要计算狭义遗传力(narrow-sense heritability)和广义遗传力(broad-sense heritability)。

本篇文章有三个目的:

  • 解释澄清遗传力的定义
  • 介绍一下如何计算
  • 如何评价遗传力

3. 开局一张图


遗传力是表型和育种值的回归系数

遗传力是相关系数的平方

遗传力乘以选择差就是选择相应。

4. 两套计算遗传力的体系

第一种,是计算方差组分,然后用重复数对残差进行调整,计算遗传力,这个也称为标准的方法。

第二种,是计算BLUE值的标准误用于计算残差方差组分,这个也被称为piepho的遗传力计算方法。

5. 几种常见的对遗传力的误解

5.1 错误1:遗传力表示有多大程度上受基因决定

A heritability of x indicates that x% of the trait is determined by
genetics。

这是一个非常常见的误解,它源于对遗传力定义的误解。一个遗传力为0.40意味着该性状的所有表型变异中有40%是由于该性状的基因型变异所导致的。这与错误的理解有重要区别,即在每个植物中,40%的特征表现是由基因决定的,其余部分是由其他因素决定的。

原文:

This is a very common misconception that arises from a misunderstanding of the definition
of heritability. A heritability of 0.40 indicates that 40% of all the phenotypic variation for that
trait is due to variation in genotypes for that trait. This differs importantly from the
misconceived understanding that in each plant 40% of the expression of the trait is due to
genes and the rest due to other influences.

飞哥注:遗传力是个群体的概念,不能具体到个体。应该是这个意思吧,感觉很绕,我也没有很理解。

5.2 误解2:遗传力较低,表明受基因决定少或者不受基因决定

Misconception 2. “A low heritability means that traits are not determined by genes”
A heritability that is larger than 0 always indicates that genes have an effect on the expression
of the phenotype. The heritability is determined by the proportion of genetic variance relative
to the phenotypic variance. A low heritability therefore can indicate that the genetic variance
is low compared to the phenotypic variance (both could be small). For example, branching in
maize is very much genetically determined, but because by far most genotypes used in
modern maize programs have a single stem, the genetic variance for branching is very low

要弄清楚这个错误理解,要从遗传力的公式得到,遗传力是遗传方差占表型方差的百分比,如果这个群体没有变异,那么计算遗传力就为0。但是不能表明不受基因控制。

5.3 误解3:遗传力低意为着基因型变异小,差异小

Misconception 3. “A low heritability means that genetic differences are small”
A low heritability does not automatically indicate that the genetic variance is small; it can also
indicate that the error variance is large. This can be caused by high environmental influence,
for example, but also by inaccurate phenotype recording. For example, resistance to a certain
infection will depend on the genetic potential to withstand that infection; the problem is how
to measure that potential. If a single field measurement is taken of nematode infection in
beat plants, it will record only those infected at that time, but this could vary according to the
environment selected for recording infection levels.

这还要从概念上讲,遗传力=基因型方差组分/(基因型方差组分+残差方差组分),有可能残差方差很大,比如环境间差异很大,也会导致遗传力偏低。

5.4. 误解4:遗传力是固定的值

Misconception 4. “A heritability is a fixed value”
The heritability reflects the relative weight of the genetic variance component in the
phenotypic variance of a specific population and is based on observations that were taken
on a specific moment in time. The magnitude of heritability depends on genetic variance in
a population, but also on the influence of the environment and on the accuracy of
observations (see misconception 3). The genetic variance in one population may be
(somewhat) different from that in another population. Finally, heritability within a population
can change over time, and for that reason, should be estimated at regular intervals.

遗传力与计算的群体规模、群体类型都有关系,而且随着群体结构的变化,遗传力估计也会改变。所以,要隔一段时间进行遗传评估。

飞哥注:一般育种群体中,遗传力的计算有一个区间,主要是判断数据收集是否异常。

5.4 误解5:高的遗传力,意味着有主效基因控制

Misconception 5. “A high heritability implies a major-effect QTL”
The fact that the heritability quantifies the genetic signal from a phenotype doesn’t mean
that says something about the genetic inheritance of the trait. Whether there’s one or many
thousands of genes behind and irrespectively of their effect we can have high or low
heritabilities. A major-QTL trait like eye color can have low heritability if the population
scanned have only one type of eye color, or a high heritability of we observe all types of color.
A highly quantitative trait like yield can have a high heritability is the experiment is well
conducted with high appropriate replication levels, but can also have low heritability if the
agronomic management is poor.

遗传力量化了表型的遗传信号,并不意味着它能说明该特征的遗传继承方式。无论是一个还是成千上万个基因,无论它们的效应如何,我们都可以得到高或低的遗传力。像眼睛颜色这样的主要-QTL特征,如果被研究的人群只有一种类型的眼睛颜色,遗传力可能很低;如果我们观察到所有类型的颜色,遗传力可能很高。像产量这样的高度定量特征,如果实验进行得好,有适当的复制水平,那么可以有高的遗传力;但如果农艺管理不良,遗传力也可能很低。

飞哥注:这肯定是广义遗传力的结果,事实上根据基因型数据计算的遗传力还是有参考意义的。植物中的MET试验的遗传力,是没有意义的。

6. 总结

正确的解释:遗传力为0.4,就意味着表型变异中有40%是由基因型变异决定的。

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.rhkb.cn/news/273821.html

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系长河编程网进行投诉反馈email:809451989@qq.com,一经查实,立即删除!

相关文章

数据结构---复杂度(2)

1.斐波那契数列的时间复杂度问题 每一行分别是2^0---2^1---2^2-----2^3-------------------------------------------2^(n-2) 利用错位相减法,可以得到结果是,2^(n-1)-1,其实还是要减去右下角的灰色部分,我们可以拿简单的数字进行举例子&…

神经网络实战前言(补充)

深度学习 深度学习是特殊的机器学习,使用复杂的、多层神经网络进行学习。深度神经网络(DNN),每层学习的信息的复杂度是不断增加的。例如面部识别,第一层识别眼睛、第二层识别鼻子,直到所有的面部特征识别完…

力扣题目训练(18)

2024年2月11日力扣题目训练 2024年2月11日力扣题目训练561. 数组拆分566. 重塑矩阵572. 另一棵树的子树264. 丑数 II274. H 指数127. 单词接龙 2024年2月11日力扣题目训练 2024年2月11日第十八天编程训练,今天主要是进行一些题训练,包括简单题3道、中等…

如何使用宝塔面板搭建Discuz并结合cpolar实现远程访问本地论坛

文章目录 前言1.安装基础环境2.一键部署Discuz3.安装cpolar工具4.配置域名访问Discuz5.固定域名公网地址6.配置Discuz论坛 前言 Crossday Discuz! Board(以下简称 Discuz!)是一套通用的社区论坛软件系统,用户可以在不需要任何编程的基础上&a…

2024暑期实习八股笔记

文章目录 自我介绍MySQL索引索引种类、B树聚簇索引、非聚簇索引联合索引、最左前缀匹配原则索引下推索引失效索引优化 日志、缓冲池redo log(重做日志)刷盘时机日志文件组 bin log(归档日志)记录格式写入机制 两阶段提交undo log&…

Spring Security的API Key实现SpringBoot 接口安全

Spring Security的API Key实现SpringBoot 接口安全 Spring Security 提供了各种机制来保护我们的 REST API。其中之一是 API 密钥。API 密钥是客户端在调用 API 调用时提供的令牌。 在本教程中,我们将讨论如何在Spring Security中实现基于API密钥的身份验证。 API…

FLatten Transformer_ Vision Transformer using Focused Linear Attention

paper: https://arxiv.org/abs/2308.00442 code: https://github.com/LeapLabTHU/FLatten-Transformer 摘要 当将transformer模型应用于视觉任务时,自注意的二次计算复杂度( n 2 n^2 n2)一直是一个持续存在的挑战。另一方面,线性注意通过精心设计的映射…

Python与FPGA——局部二值化

文章目录 前言一、局部二值化二、Python局部二值化三、FPGA局部二值化总结 前言 局部二值化较全局二值化难,我们将在此实现Python与FPGA的局部二值化处理。 一、局部二值化 局部二值化就是使用一个窗口,在图像上进行扫描,每扫出9个像素求平均…

CVE-2021-31440:eBPF verifier __reg_combine_64_into_32 边界更新错误

文章目录 前言漏洞分析构造 vuln reg 漏洞利用漏洞修复参考 前言 影响版本:Linux 5.7 ~ 5.11.20 8.8 编译选项:CONFIG_BPF_SYSCALL,config 所有带 BPF 字样的编译选项。General setup —> Choose SLAB allocator (SLUB (Unqueued Allocat…

【C++】排序算法

一、排序算法概述 在C语言中&#xff0c;通常需要手写排序算法实现对数组或链表的排序&#xff0c;但是在C中&#xff0c;标准库中的<algorithm>头文件中已经实现了基于快排的不稳定排序算法 std::sort() &#xff0c;以及稳定的排序算法 std::stable_sort() 。 排序算…

vscode中解决驱动编写的时候static int __init chrdev_init()报错的问题

目录 错误出错原因解决方法 错误 在入口函数上&#xff0c;出现 expected a ; 这样的提示 出错原因 缺少了 __KERNEL __ 宏定义 解决方法 补上__KERNEL__宏定义 具体做法&#xff1a;在vscode中按下ctrlshiftp &#xff0c;输入&#xff1a;C/C:Edit Configurations&#xff0…

首发:鸿蒙面试真题分享【独此一份】

最早在23年华为秋季发布会中&#xff0c;就已经宣布了“纯血鸿蒙”。而目前鸿蒙处于星河版中&#xff0c;加速了各大互联网厂商的合作。目前已经有200参与鸿蒙的原生应用开发当中。对此各大招聘网站上的鸿蒙开发需求&#xff0c;每日都在增长中。 2024大厂面试真题 目前的鸿蒙…

并发通信(网络进程线程)

如果为每个客户端创建一个进程&#xff08;或线程&#xff09;&#xff0c;因为linux系统文件标识符最多1024位&#xff0c;是有限的。 所以使用IO复用技术&#xff0c;提高并发程度。 阻塞与非阻塞 阻塞式复用 非阻塞复用 信号驱动IO 在属主进程&#xff08;线程中声明&…

java网络编程 01 IP,端口,域名,TCP/UDP, InetAddress

01.IP 要想让网络中的计算机能够互相通信&#xff0c;必须为计算机指定一个标识号&#xff0c;通过这个标识号来指定要接受数据的计算机和识别发送的计算机&#xff0c;而IP地址就是这个标识号&#xff0c;也就是设备的标识。 ip地址组成&#xff1a; ip地址分类&#xff1a;…

王道机试C++第 3 章 排序与查找:排序问题 Day28(含二分查找)

查找 查找是另一类必须掌握的基础算法&#xff0c;它不仅会在机试中直接考查&#xff0c;而且是其他某些算法的基础。之所以将查找和排序放在一起讲&#xff0c;是因为二者有较强的联系。排序的重要意义之一便是帮助人们更加方便地进行查找。如果不对数据进行排序&#xff0c;…

git 命令怎么回退到某个特定的 commit 并将其推送到远程仓库?

问题 不小心把提交的名称写错提交上远程仓库了&#xff0c;这里应该是 【029】的&#xff0c;这个时候我们想回到【028】这一个提交记录&#xff0c;然后再重新提交【029】到远程仓库&#xff0c;该怎么处理。 解决 1、首先我们找到【028】这条记录的提交 hash&#xff0c;右…

js【详解】DOM

文档对象模型&#xff08;Document Object Model&#xff0c;简称DOM&#xff09; DOM 是哪种数据结构 &#xff1f; DOM 的本质是浏览器通过HTML代码解析出来的一棵 树。 操作 DOM 常用的 API 有哪些 &#xff1f; 获取 DOM 节点 //方式 1&#xff1a;通过【id】获取&#xf…

掼蛋的牌型与规律(下篇)

一、三不带 一般出三不带有几种情况&#xff1a;没有对子配、对子和三张数量不匹配、对子成了三连对、对子太大。作为发牌方&#xff0c;首发三不带可以迷惑对手。三不带打出来很难处理&#xff0c;如果接了三不带可能就会将小对子留下&#xff0c;不接又不甘心让对方继续有出牌…

ceph跨集群迁移ceph pool rgw

1、跨集群迁移ceph pool rgw 我这里是迁移rgw的pool l老环境 [rootceph-1 data]# yum install s3cmd -y [rootceph-1 ~]# ceph config dump WHO MASK LEVEL OPTION VALUE RO mon advanced au…

CKB转型为BTC Layer2后月涨超 300%,还有哪些转型热门赛道的老项目?

虽然说牛市下&#xff0c;炒新不炒旧。但一些渡过漫长熊市的老牌项目方&#xff0c;重新回到牌桌前开始新叙事后&#xff0c;市场依然有人买单。 部分项目方已经初步尝到了甜头&#xff0c;Arweave&#xff08;AR&#xff09;宣布从去中心化数据存储转换到「以太坊杀手」后&am…