四、肿瘤全基因组学体细胞点突变特征(The repertoire of mutational signatures in human cancer)

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一、肿瘤突变特征:碱基置换及插入、缺失突变

单碱基置换(49种特征类型,single-base-substitution,SBS)
双碱基置换(11种特征类型,doublet-base-substitution,DBS)
多碱基置换(4种特征类型,clustered-base-substitution,CBS)
小的插入、缺失突变(17种特征类型,small insertion-and-deletion,small indels)

CNS-GBM SBS ≈ 10 mb;DBS ≈ 0.01 mb;Indels ≈ 0.3 mb
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二、单碱基置换、双碱基置换及小的插入、缺失突变概况

单碱基置换(96种类型,49种特征类型,single-base-substitution,SBS)
双碱基置换(78种类型,11种特征类型,doublet-base-substitution,DBS)
多碱基置换(4种特征类型,clustered-base-substitution,CBS)
小的插入、缺失突变(83种类型,17种特征类型,small insertion-and-deletion,small indels)

SBS 有六种突变,考虑到突变所占比重不同,理论上有 C 6 1 C_{6}^{1} C61 + C 6 2 C_{6}^{2} C62 + C 6 3 C_{6}^{3} C63 + C 6 4 C_{6}^{4} C64 + C 6 5 C_{6}^{5} C65 + C 6 6 C_{6}^{6} C66 = 1956种情况,可见绝大多数情况未出现
在这里插入图片描述

三、具体肿瘤单碱基置换、双碱基置换及小的插入、缺失突变概况

CNS-GBM中(括号里是可能的致病因素)
SBS以SBS1(胞嘧啶脱氨酶APOBEC);SBS5;SBS11(替莫挫安);SBS30(核酸内切酶NTHL);SBS40为主
DBS以DBS2(吸烟);DBS4;DBS11(APOBEC)为主
Indel以ID1(DNA聚合酶缺陷);ID2(DNA聚合酶缺陷);ID4;ID5;ID8(DNA双链断裂修复损伤);ID9为主
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四、乳腺癌及肺腺癌突变特征

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