基于R语言生物信息学大数据分析与绘图

随着高通量测序以及生物信息学的发展,R语言在生物大数据分析以及数据挖掘中发挥着越来越重要的作用。想要成为一名优秀的生物数据分析者与科研团队不可或缺的人才,除了掌握对生物大数据挖掘与分析技能之外,还要具备一定的统计分析能力与SCI论文质量绘图能力。因此,为辅助提高生命科学研究工作者的生物数据可视化与深度挖掘技能,精选大量生物数据分析案例,包括利用R语言绘制SCI高质量图片、利用R语言分析生物学数据的案例。掌握利用R科学文献图的绘制技巧、完整的利用R分析生物数据,提高学员数据分析技能、领会高水平SCI论文撰写思路。

谢剑波(教授):高校及科研院所一线科研人员,长期从事生物数据分析与挖掘,基因测序等领域工作研究工作,以第一作者或通讯作者发表过多篇生物学一区、二区SCI高水平论文(如:Plant Cell、Plos genetics; New Phytologist; Journal of Experimental Botany等)。精通python语言等分析工具,具有丰富的科研及高通量测序数据分析与挖掘经验。

专题一

R语言基础介绍和环境搭建

1. 编程语言学习经历分享

2. R语言数据操作技巧

3. R语言与windows系统、Linux服务器及使用方法

4. R 语言与生物信息数据的联系

5. 多组学数据的分析方法

6. R语言在生物信息学中的应

专题二

R语言介绍及基本语法

R语言发展脉络

R与工作目录

(工作目录,切换工作目录)

R的数据类型及结构 (数值型、逻辑型、字符型、向量、列表、数据框、矩阵)

R中各数据类型的赋值与操作

(针对不同数据类型进行赋值、批量读取数据、通过循环对数据进行计算、差异分析)

各种数据格式的读写及操作 (Excel、TXT、CSV、TSV)

经典生信数据R脚本编写

专题三

R基本绘图语法

生物信息多组学大数据分析技巧与提升

R语言基本绘图命令概述

R语言高级绘图命令概述

R语言经典生信数据R脚本解析

专题四

R语言数据绘图基本方法

R语言高级绘图命令概述

基因组大小与基因含量的散点图

绘制基因长度分布直方图

绘制基因长度分布的频率分布密度曲线

向图中添加数学公式

热图绘制及参数详解

专题五

R语言与各种图形绘制

韦恩图、小提琴图、火山图、折线图、网络图、趋势图、箱线图

相关性分析及共表达网络构建

R语言与KEGG 富集分析实例

R语言与GO富集分析实例

 

专题六

多组学数据整理方法

多组学数据如何发表高分SCI论文,以RNA-Seq数据为例

RNA-Seq前沿动态

RNA-Seq实验设计

 

 

图片

 

非编码RNA (lncRNA、miRNA) 分析手段、研究策略解析

 

图片

 

  (如何从取样、建库、上机测序到数据如何分析,让学员了解目前转录组学哪些内容可以深度挖掘、哪些建库方式对应哪些分析内容、让学员掌握如何根据自己的实验目的选择合适的建库方式和分析手段)

专题七

多组学数据绘图方式

数据重复性评估

(如何在文中体现出不同重复的RNA-SEQ结果、Realtime PCR结果与RNA-SEQ结果如何对用)

如何进行P值的筛选

基因共表达网络构建与Cytoscape展示

多组数据表达趋势聚类及深度解析策略

(转录组学数据泛滥的时代,如何才能找到数据中的亮点,如何深度挖掘数据中隐藏的创新点,让学员掌握几种深度解析组学数据的方法)

专题八

生物信息大数据其他绘图方式 

进化树的编辑与美化

网络图的编辑(蛋白互作、基因调控网络图的编辑)

次生代谢基因簇寻找与绘图

基因结构绘制

启动子元件预测及绘图

RNA二级结构绘制

多样品韦恩图绘制

 多种作图方式结合

(综合利用R、PPT等绘图工具拼接完成论文图片)

高分辨率SCI论文图片生成

(综合利用AI、pdfviewer生成高质量论文图片)

 

 

专题九

总结

自带组学分析项目

总结

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.rhkb.cn/news/392989.html

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系长河编程网进行投诉反馈email:809451989@qq.com,一经查实,立即删除!

相关文章

CSDN 僵尸粉 机器人

CSDN 僵尸粉 机器人 1. 前言 不知道什么时候开始每天创作2篇就有1500流量爆光,每次都能收获一些关注和收藏,感觉还是挻开心的感觉CSDN人气还是挻可以的以前各把月一个收藏和关注都没有写的动力了。 2. 正文 后面又连接做了2天的每日创建2篇任务&…

JVM(九)深入解析Java字节码技术与执行模型

这篇文章深入探讨了Java字节码技术,包括字节码的简介、获取字节码清单的方法、解读字节码清单、查看class文件中的常量池信息、查看方法信息、线程栈与字节码执行模型、方法体中的字节码解读、对象初始化指令、栈内存操作指令、局部变量表、流程控制指令、算术运算指…

简单的docker学习 第3章 docker镜像

第3章 Docker 镜像 3.1镜像基础 3.1.1 镜像简介 ​ 镜像是一种轻量级、可执行的独立软件包,也可以说是一个精简的操作系统。镜像中包含应用软件及应用软件的运行环境。具体来说镜像包含运行某个软件所需的所有内容,包括代码、库、环境变量和配置文件等…

加密软件中的RSA和ECC的主要区别是什么

在加密软件中,RSA(Rivest-Shamir-Adleman)和ECC(Elliptic Curve Cryptography,椭圆曲线密码学)是两种广泛使用的非对称加密算法,它们之间存在多个关键区别。 1. 算法基础 RSA:基于大…

汽车网络安全 -- MAC介绍:CMAC与CBC-MAC不能混为一谈

目录 1.什么是MAC 2.CMAC 3.HMAC 4.小结 1.什么是MAC MAC全称Message authentication code,是经过特定算法后产生的一小段数据信息,用于校验某数据的完整性和真实性。在数据传递过程中,可检查其内容是否被更改过,不管更改的原…

Webpack入门基础知识及案例

webpack相信大家都已经不陌生了,应用程序的静态模块打包工具。前面我们总结了vue,react入门基础知识,也分别做了vue3的实战小案例,react的实战案例,那么我们如何使用webpack对项目进行模块化打包呢? 话不多…

路由器IP互联无线对讲系统解决方案

一、项目概况 随着信息化的全面深入发展,各行各业的通信需求日益增长,传统的通信方式无法满足跨网络、跨系统、跨媒介的通信互联互通,打破信息孤岛、提高协同效率,成为当前各行业融合通信的首要任务。尤其大型企业、学校、医院等…

模型优化学习笔记—对比各种梯度下降算法

import mathimport numpy as np from opt_utils import * import matplotlib.pyplot as plt# 标准梯度下降 def update_parameters_with_gd(parameters, grads, learning_rate):L len(parameters) // 2for l in range(1, L 1):parameters[f"W{l}"] parameters[f&q…

自己动手实现scikit库中的fit和transform方法

文本分析第一步要解决的是如何将文本非结构化信息转化为结构化信息,其中最关键的是特征抽取,我们使用scikit-learn库fit和tranform方法实现了文本数据的特征抽取。 但是对于fit和transform,大家可能还是有点迷糊。最近又将《Applied Text An…

如何用一个以太网回环短接器激活以太网接口:以太网短接口制作

在非常特殊的情况下,我们需要在没有接以太网的情况下,使用本地的以太网(有些程序、代码必须上网才能运行)。这时候需要插上一个以太网短接口,骗系统已经插上网线。 制作以太网短接口 以太网短接口的制作非常简单&…

Linux OS:基于阻塞队列的生产者消费者模型

Linux OS:基于阻塞队列的生产者消费者模型 前言一、阻塞队列的大致框架二、生产者向阻塞队列中生产数据三、消费者获取阻塞队列中数据四、总体生产和消费思路及测试代码4.1 单生产单消费4.2 多生产多消费 五、所以代码 前言 阻塞队列是一种常用于实现生产者消费者模…

低代码: 系统开发准备之确定一般开发流程,需求分析,复杂度分析,标准开发流程

概述 低代码系统开发之前,我们首先要进行一些准备我们首先知道我们软件开发的一般流程同时,我们还要知道,我们整个系统平台的需求如何之后,我们要基于需求进行设计,包含UI设计与系统架构设计 一般开发流程 系统开发…

电路中电阻,电容和电感作用总结

电阻作用 1,上拉电阻 电阻的连接一般是一端接上拉的电源(一般与芯片信号的电压值相匹配),另一端连接芯片引脚所对应的信号大概如下图 功能:一、预置某些引脚的功能,例如复位信号拉高(失能&…

在 VueJS 中使用事件委托处理点击事件(事件委托,vue事件委托,什么是事件委托,什么是vue的事件委托)

前言 在开发 Vue 项目时,我们经常需要处理大量的点击事件。为每个可点击的元素单独添加事件监听器不仅会增加代码的复杂度,还会降低性能。事件委托是一种有效的优化方式,它可以显著减少事件监听器的数量,提高代码的可维护性和执行…

用Python+selenium实现一个自动化测试脚本

一,安装Python. python官方下载地址:Download Python | Python.org 安装后点击开始菜单,在菜单最上面能找到IDLE. IDLE是python自带的shell, 点击打开, 即可开始编写python脚本了. 二,安装selenium 上面python已安装完成,接下来安装selenium. 安装selenium之前需要…

P1105 平台

平台 题目描述 空间中有一些平台。给出每个平台的位置,请你计算从每一个平台的边缘落下之后会落到哪一个平台上。 注意,如果某两个平台的某个两边缘横坐标相同,物体从上面那个平台落下之后将不会落在下面那个平台上(即平台的范…

网络工具(Netcat、iPerf)

目录 1. Netcat2. iPerf 1. Netcat Netcat 是一款简单的 Unix 工具,常用于测试 UDP 和 TCP 连接。 https://www.cnblogs.com/yywf/p/18154209 https://eternallybored.org/misc/netcat/ https://nmap.org/download.html 创建UDP监听端 nc -u -l localPort 创建UDP…

业务开发之用户管理(七)

云风网 云风笔记 云风知识库 首先从逻辑上,用户管理只限制admin用户显示 一、路由限制用户管理的访问权限 config/routes.ts添加access:admin权限限制 {name: userManage,icon: table,access: canAdmin,path: /userManage,component: ./userManage,}二…

Flink 实时数仓(四)【DWD 层搭建(二)流量域事实表】

前言 昨天刚搬到新校区,新校区小的可怜,好在之后出去实习交通可以方便点;待在学院太受限了,早点离开! 今天开始完成 DWD 层剩余的需求,上一节我们把日志数据根据不同类型分流写入到了不同的主题&#xff1b…

云端医疗解决方案:互联网医院系统的云计算架构与实现

随着云计算技术的成熟和普及,医疗行业开始探索云端解决方案,以应对数据存储、计算能力和系统扩展性等方面的挑战。互联网医院系统作为医疗信息化的重要组成部分,通过云计算架构实现了高效、灵活和可扩展的医疗服务。本文将深入探讨互联网医院…