一、写在前面
嘿！嘿！嘿！大家好，今天我们来聊一下使用GPT们进行论文辅助写作。不过，我要先交代一下，GPT的使用门槛比较高，不少童鞋都用不上。所以，我极力推荐一个平替产品——Claude。今天我将从润色能力、根据摘要拟题目、根据全文凝练摘要、辅助写讨论、辅助科研设计以及辅助回答审稿人问题这六个方面来为大家演示和测评。当然，GPT们的能力不止于此，我只是为大家点一盏明灯，旨在向大家展示，GPT们在我们科研工作中的强大潜力！
Claude的自我独白：我是一名AI助手,由Anthropic公司（据说是OpenAI前高层出来创办的）开发与运营。我的核心功能是理解用户的语音或文字输入,解析其中的含义与目的,并作出相应的回应。我的知识与能力不是通过联网获取,而是由Anthropic的研发团队采用人工智能技术开发与集成的。
Claude的使用教程有很多了，不过现在需要魔法了，而且是需要切换到比较偏僻的节点。随便推荐个部署教程吧：
- http://t.csdn.cn/tYy2s
- http://t.csdn.cn/RxWE3
二、润色能力
我们使用教程《玩转ChatGPT：论文翻译润色》的案例，先使用DeepL进行翻译，然后分别使用Claude和GPT3.5进行润色，最后使用GPT-4仲裁。
（1）Claude
Here is the polished version:
Objective: To identify the secretory proteins of Bacillus marinifilii (TM) and preliminarily analyze their biological functions.
Methods: The secretory proteome of the TM strain (ATCC18224) culture supernatant was identified based on mass spectrometry. Bioinformatics was used to predict the subcellular localization and signal peptide cleavage sites of the identified proteins, as well as to analyze their biological functions and signaling pathways.
Results: A total of 21 secretory proteins were identified by two independent replicate experiments. The functional annotation results showed that the secretory proteins were primarily involved in biological processes such as superoxide metabolism, stress response, and metal ion transport. The prediction results showed that the secretory proteins were mainly localized in the nucleus, extracellular space, plasma membrane, mitochondria, and cell membrane. Only six proteins had signal peptide sequences.
Conclusion: TM secretory proteins may be closely related to their immune escape and fungal toxicity. The functions of some proteins remain unclear and warrant further study.
（2）GPT-3.5
见教程《玩转ChatGPT：论文翻译润色》，此处不展示了。
（3）GPT-4的评价
两者旗鼓相当，GPT-3.5似乎略好：
我调侃了TA一波：
三、根据摘要拟题目
GPT们是有记忆功能的（当然是同一个对话框内），因此，我们可以要求TA根据之前输入的论文摘要，起一个题目。
（1）Claude
这里是一个新的英文标题选项:
Secretory Proteins of Talaromyces marneffei and Their Role in Pathogenicity: A Bioinformatics Analysis
这篇题目突出了在Talaromyces marneffei的上清液中鉴定出的分泌性蛋白及其在致病性方面的潜在作用,同时也提到采用的生物信息学的分析方法。这类题目既具体地指出了研究对象的正确名称,又充分地概括了研究的内容与意义。
其他可选的标题如下:
1. Mechanistic Insights into Immune Evasion by Talaromyces marneffei: A Secretory Proteome Study
2. The Extracellular Adaptations of Talaromyces marneffei: Secretory Proteins Involved in Stress Response and Metabolism
3. Deciphering the Secretory Profile of Talaromyces marneffei Using Mass Spectrometry and Bioinformatics
4. Exploring the Biological Functions of Secretory Proteins in Talaromyces marneffei Supernatant
（2）GPT-3.5
1. "Identification and Functional Analysis of Secretory Proteins in Talaromyces marneffei"
2. "Exploring the Localization and Signaling Pathways of Secretory Proteins in Talaromyces marneffei"
3. "Role of Secretory Proteins in Immune Escape and Fungal Toxicity of Talaromyces marneffei"
I believe "Identification and Functional Analysis of Secretory Proteins in Talaromyces marneffei" is the best title because it accurately summarizes the objective and main finding of the study, which is the identification and functional analysis of secretory proteins in Talaromyces marneffei. It also highlights the importance of understanding the biological functions of these proteins in relation to the pathogenicity of Talaromyces marneffei.
（3）GPT-4的评价
GPT-3.5依旧略胜一筹，Claude也不赖。
四、根据全文凝练摘要
咒语：第一步：假设你是一个医学学术论文写作专家，你可以根据我提供的论文内容生成结构式摘要，包括目的、方法、结果和结论四部分。我会分段把论文的全文发送给你，你接收到信息以后，回复“收到”即可，当我把全部论文内容输入完毕以后，我会输入“开始生成摘要”，你才能开始输出最终的摘要。你是否清楚了？
第二步：下面我开始分段输入论文内容：
第三步：继续输入内容：
第四步：开始生成摘要 或者 根据我提供的论文内容生成结构式摘要，包括目的、方法、结果和结论四部分。
（1）Claude
以下是根据您提供的全文生成的结构化摘要:
目的: 马尔尼菲篮状菌病是一种严重危害华南地区AIDS患者健康的机会性感染,其致病机理尚未完全阐明。本研究旨在系统鉴定马尔尼菲篮状菌的分泌蛋白组,为研究其致病机理和开发新型治疗靶点提供基础。
方法: 采用质谱技术对马尔尼菲篮状菌的分泌蛋白进行全面鉴定,并利用生物信息学软件对鉴定结果进行功能分析。
结果: 共鉴定出21种马尔尼菲篮状菌分泌蛋白,这些蛋白参与多种生物学过程,具有抗氧化、调控细胞骨架及转运金属离子等功能。生物信息学分析显示,这些蛋白可能与马尔尼菲篮状菌的致病性、环境适应能力及免疫逃逸相关。
结论: 本研究构建了马尔尼菲篮状菌分泌蛋白组谱,结果表明其分泌蛋白在真菌致病过程中起重要作用。这些分泌蛋白可能是潜在的治疗靶点,有助于更深入阐明马尔尼菲篮状菌致病机理及预防治疗该病。未来需要对鉴定的部分未知功能蛋白进行深入研究,揭示其在马尔尼菲篮状菌致病过程中的作用机制。
（2）GPT-3.5
以下是根据您提供的全文生成的结构化摘要:
目的：本研究旨在通过质谱技术鉴定出马尔尼菲篮状菌（TM）的分泌蛋白组，并分析其功能及定位信息。
方法：本研究采用质谱技术对TM菌株的分泌蛋白进行鉴定，利用生物信息学分析工具对鉴定结果进行功能注释、通路富集和信号肽及剪切位点预测等分析。
结果：本研究共鉴定出21个TM分泌蛋白，其中超氧化物歧化酶、Septin型G结构域蛋白和镁转运蛋白等蛋白在TM感染介导的免疫逃逸和侵染宿主细胞中发挥着重要作用。GO分析显示，TM分泌蛋白主要参与超氧化物代谢、压力应对、金属离子转运、氧化还原过程和DNA复制等生物学过程。信号肽预测结果显示仅有6个蛋白存在信号肽序列。
结论：通过本研究对TM分泌蛋白的鉴定和分析，我们揭示了TM分泌蛋白在感染过程中的重要作用和生物学功能，为进一步研究TM的致病机制提供了重要的理论基础。同时，未能鉴定的5个蛋白以及定位于细胞核、质膜、线粒体和细胞膜等位置的蛋白的功能还需要进一步深入研究。
（3）GPT-4的评价
五五开，各有千秋。
估计大家好奇，GPT-4生成的摘要会长啥样：
个人认为：除了结论有点啰嗦，其他基本可以直接用了。
五、辅助写讨论
咒语：假设你是一个医学学术论文写作专家，根据我提供的论文内容，针对我提供的讨论部分提出修改建议并说明理由。讨论部分如下：
（1）Claude
（2）GPT-3.5
（3）GPT-4评价
端水大师：
GPT-4自己的建议：
个人感觉：均有参考价值！比挺多童鞋思路清晰多了。此外，论文其他部分也可按照这个思路让GPT们帮你提供思路或者修改润色。
六、辅助科研设计
咒语：假设你是一个微生物学领域的专家，上述论文提到TM存在5种未注释的分泌蛋白，我未来应该如何设计实验来探索这5个分泌蛋白的功能和分子机制？
（1）Claude
（2）GPT-3.5
（3）GPT-4
妈妈问我为什么跪着敲键盘系列：只能说GPT-4很全面！
七、辅助回答审稿人问题
咒语：假设你是一个微生物学领域的专家，上述论文送审以后，审稿人提出下面问题：为什么只做了2次独立重复实验，是否会影响分析结果和结论？我该如何回答？
（1）Claude
（2）GPT-3.5
（3）GPT-4
个人认为：这一波，GPT-3.5摸鱼了，Claude发挥得依旧稳定，跟GPT-4不相上下！
八、写在最后
- 在科研写作方面，Claude基本上可以平替GPT-3.5。如果大家实在是用不上GPT，那么Clause应该足够满足你们的科研写作需求。
- 我只举了六个比较常规化的例子做演示，实际上这只是GPT们辅助我们科研写作的冰山一角，希望大家多多思考和挖掘。解放思想，多思考，结合自己的实际工作，凝练出一些针对性更强的问题，这样GPT们才能更好地服务于我们。
- 啰嗦一句，Claude也可以写代码和解析代码哟。
