没有看你的原理图，以下是造成烧毁芯片的几个环节：

1. 最大的可能性是你的单片机电机控制输出与电机驱动电路没有隔离。

我的经验，使用STM32控制电机，无论是直流电机脉宽调制，还是步进电机控制，控制电路与电机驱动电路一定要隔离，使用光耦。如果你觉得一般光耦速度不快，可以使用高速光耦。既使脉宽调制基频在20KHz 以上的静音区间，也没有问题。在开始前我有一些资料，是我根据网友给的问题精心整理了一份「单片机的资料从专业入门到高级教程」，

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2. 电机的驱动电路一定要配置续流装置，就是高速二极管，电机线圈有电感特性，会有较高感生电动势。

3. 单片机的四个方向上的电源输入引脚的电容一定要按照设计要求配置，如果你买的现成的板子，看一下他们的板子电容分布是否合理。

4. 控制地和驱动地连接要符合单点连接的原则，杜绝多点接地。