生信技能48 - 如何获取基因的SNP及RefSeq参考序列命名规则

1. SNP概念

SNP 是指基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA 序列多态性在群体中的发生频率不小于1 %,包括单个碱基的转换、颠换、插入和缺失等。每核苷酸发生突变的概率大约为10 -9 , 由于压力选择,SNP在单个基因和基因组以及动物不同种群间分布是不均匀的,在非编码区区SNP数量要多于编码区。
SNP

1.1 转换

转换是指同类型碱基之间的转换,如嘌呤与嘌呤( G2A) 、嘧啶与嘧啶( T2C) 间的替换。

1.2 颠换

颠换是指发生在嘌呤与嘧啶(A2T、A2C、C2G、G2T) 之间的替换。

通过排列组合,SNP 一共可以有6种替换情况,即A2G、A2T、A2C、C2G、C2T 和G2T ,但实际上转换的发生频率占较高,而且是C2T(胞嘧啶转换为胸腺嘧啶) 转换为主,其原因是CpG的C 是甲基化的,容易自发脱氨基形成胸腺嘧啶T ,CpG 因此变为突变热点。

2. RefSeq数据库

RefSeq数据库存储了公开可用的核酸序列(DNA、RNA)及其蛋白产物数据,包含基因组、 转录本和蛋白质的参考序列。
RefSeq命名采用2个英文字母+下划线_+数字gi

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.rhkb.cn/news/351566.html

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系长河编程网进行投诉反馈email:809451989@qq.com,一经查实,立即删除!

相关文章

【wiki知识库】06.文档管理页面的添加--前端Vue部分

📝个人主页:哈__ 期待您的关注 目录 一、🔥今日目标 二、🐻前端Vue模块的改造 BUG修改 1.wangeditor无法展示问题 2.弹窗无法正常关闭问题 2.1 添加admin-doc.vue 2.1.1 点击admin-ebook中的路由跳转到admin-doc 2.2.2 进入…

LoadBalance客户端负载均衡

1. 前言Ribbon Spring Cloud Ribbon是基于Netflix Ribbon实现的一套客户端 负载均衡的工具。简单的说,Ribbon是Netflix发布的开源项目,主要功能是提供客户端的软件负载均衡算法和服务调用。Ribbon客户端组件提供一系列完善的配置项如连接超时&#xff0…

数据结构——栈(Stack)详解

1. 栈(Stack) 1.1 概念 栈:一种特殊的线性表,只允许在固定的一端进行插入和删除元素操作。进行数据插入和删除操作的一端称为栈顶,另一端称为栈底。栈中数据元素遵循后进先出LIFO(Last In First Out)的原则 压栈&am…

Java——LinkedList

1、链表 1.1 链表的概念及结构 链表在逻辑层面上是连续的,在物理层面上不一定是连续的 链表结构可分为,单向或双向、带头或不带头、循环或非循环,组合共计8种 重点:无头单向非循环链表、无头双向链表 1.2 模拟实现无头单向非…

梯度提升决策树(GBDT)

GBDT(Gradient Boosting Decision Tree),全名叫梯度提升决策树,是一种迭代的决策树算法,又叫 MART(Multiple Additive Regression Tree),它通过构造一组弱的学习器(树&am…

OpenCV绘制直线

一 绘制图形 画线 画矩形 画圆 画椭圆 画多边形 绘制字体 二 画线 line(img,开始点,结束点,颜色…) 参数结束 img:在那个图像上画线 开始点,结束点:指定线的开始与结束位置; 颜色,线宽,线体…

图解 Twitter 架构图

写在前面 两年前,马老板收购了twitter,并且做了一系列的大动作。那么今天我们来看一下这个全球最火的软件之一的架构。 Twitter解析 开始之前,我先提前说明一下,我之前不是做搜推广的,所以对这些了解不是很深&…

力扣 SQL题目

185.部门工资前三高的所有员工 公司的主管们感兴趣的是公司每个部门中谁赚的钱最多。一个部门的 高收入者 是指一个员工的工资在该部门的 不同 工资中 排名前三 。 编写解决方案,找出每个部门中 收入高的员工 。 以 任意顺序 返回结果表。 返回结果格式如下所示。 …

CSS 字体颜色渐变

CSS 字体颜色渐变 css 代码: 注意:background: linear-gradient(属性),属性可以调整方向 例如:to bottom 上下结构,to right 左右结构font-family: DIN, DIN;font-weight: normal;font-size: 22px;color:…

基于WPF技术的换热站智能监控系统09--封装水泵对象

1、添加用户控件 2、编写水泵UI 控件中用到了Viewbox控件,Viewbox控件是WPF中一个简单的缩放工具,它可以帮助你放大或缩小单个元素,同时保持其宽高比。通过样式和属性设置,你可以创建出既美观又功能丰富的用户界面。在实际开发中…

uniapp原生插件开发实战——集成Android端的Twitter登陆

Android集成Twitter登陆的官方教程:https://github.com/twitter-archive/twitter-kit-android/wiki 项目创建 首先可以先看下uniapp原生插件开发教程 uniapp原生插件类型分为两种: Module模式:能力扩展,无嵌入窗体的UI控件,类似于功能插件。Component模式:在窗体中内嵌…

【2024亲测无坑】Oracle--19C在Centos7上的静默安装(rpm版)

一、Oracle 19c Linux安装(Centos 7) 1.查看磁盘可用空间及配置ip地址 [rootlocalhost /]# df -h 文件系统 容量 已用 可用 已用% 挂载点 devtmpfs 1.4G 0 1.4G 0% /dev tmpfs 1.4G …

C#——值类型和引用类型的区别详情

值类型和引用类型的区别 值类型 值类型: 常用的基本数据类型都是值类型:bool 、char、int、 double、 float、long 、 byte 、ulong、uint、枚举类型、 结构体类型等特点: 在赋值的过程当中,把值的本身赋值给另一个变量,再修改…

【python】OpenCV—Histogram Matching(9.2)

学习来自OpenCV基础(17)基于OpenCV、scikit-image和Python的直方图匹配 文章目录 直方图匹配介绍scikit-image 中的直方图匹配小试牛刀风格迁移 直方图匹配介绍 直方图匹配(Histogram Matching)是一种图像处理技术,旨…

【图论应用】使用多路图(multigraph)对上海地铁站点图建模,并解决最短路径问题

文章目录 1 前言2 导包导入数据集3 创建多路图,导入节点和边信息3 绘制线路图4 计算最短路径 1 前言 最近正在学习图神经网络,先pick up了一些最基础的图论知识并学习了一些好玩的应用。 本文启发于B站视频(BV1LY411R7HJ)&#…

经验分享,如何去除文本中的空格

有时候我们需要去掉一窜文本中的空格,这里分享一个好用的免费网站,可实现在线去除 网址:http://www.txttool.com/t/?idMzM4 使用截图:

redis 笔记2之哨兵

文章目录 一、哨兵1.1 简介1.2 实操1.2.1 sentinel.conf1.2.2 问题1.2.3 哨兵执行流程和选举原理1.2.4 使用建议 一、哨兵 1.1 简介 上篇说了复制,有个缺点就是主机宕机之后,从机只会原地待命,并不能升级为主机,这就不能保证对外…

牛客网华为机试java版

目录 HJ1 字符串最后一个单词的长度HJ2 计算某字符出现次数HJ3 明明的随机数HJ4 字符串分隔HJ5 进制转换HJ6 质数因子HJ7 取近似值HJ8 合并表记录HJ9 提取不重复的整数HJ26 字符串排序HJ80 整型数组合并HJ101 输入整型数组和排序标识,对其元素按照升序或降序进行排序…

困惑度作为nlp指标的理解示例

为了更清晰地说明困惑度的计算过程以及如何通过困惑度判断模型的优劣,我们可以通过一个简单的例子来演示。假设我们有一个非常简单的文本语料库和两个基础的语言模型进行比较。 示例文本 假设我们的文本数据包括以下两个句子: “cat sits on the mat”…

贷款投资决策和常用财务函数

前段时间上了一门excel操作的课,本文结合其中介绍财务函数以及投资决策分析相关的部分,对贷款中的现金流计算进行深入的分析。 以等额本息产品为例进行实操计算,假设某产品本金12000元,期限12,IRR利率24%。每期还款113…