测序文章数据上传找哪里

在我们发表高通量测序文章之前通常要上传测序数据到GEO数据库，现总结流程如下。

注册账户、填写MetaSheet

在NCBI GEO官网注册一个账号，然后登陆。
点击Submission Guidelines 。从中查找，并下载，通常是Download metadata spreadsheet （template and examples） UPDATED！，官方推荐下载最新版，这儿就提供链接了。GEOarchive spreadsheet formatMetadata spreadsheet
下载完之后填写表格。表格中有2个样例表，可以参考着填写。
- 表格里面需要的MD5值在Linux下可以使用命令来获取; Windows下可以在网上搜索一个MD5值计算工具，比如 http://www.winmd5.com/。md5sum filename
数据上传，原始测序的fastq一般采用gzip压缩后上传。
- 在Linux系统，使用的是上传; Windows可以使用FileZilla.lftp

Linux下lftp上传

为了方便lftp上传，我写了一个bash脚本，命名为，只需提供FTP服务器的地址、用户名、密码、上传文件所在目录和上传到FTP服务器的目录即可。GEO_upload.sh

GEO_upload.sh -f ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov -u geo -p password -t fasp/detination_dir/ -s localdir/

为了简单方便，里面只包含需要上传的文件，包括原始测序文件，处理后文件和Metadata spreadsheet。localdir

#!/bin/bash

#set -x
set -e
set -uusage()
{
cat <<EOF >&2
${txtcyn}
Usage:$0 options${txtrst}${bldblu}Function${txtrst}:This script is used to upload files to an FTP server using lftp.${txtbld}OPTIONS${txtrst}:-f    FTP address ${bldred}[NECESSARY]${txtrst}-u    User name ${bldred}[NECESSARY]${txtrst}-p    Password ${bldred}[NECESSARY]${txtrst}-t    Target dir ${bldred}[NECESSARY]${txtrst}-s    Source dir ${bldred}[NECESSARY]${txtrst}    
EOF
}ftp=
user=
passwd=
target=
source_dir=while getopts "hf:u:p:t:s:" OPTION
docase $OPTION inh)usageexit 1;;f)ftp=$OPTARG;;u)user=$OPTARG;;p)passwd=$OPTARG;;t)target=$OPTARG;;s)source_dir=$OPTARG;;?)usageexit 1;;esac
doneif [ -z $ftp ]; thenusageexit 1
ficat <<END >lftp.script
open -u ${user},${passwd} ${ftp}
mkdir -p ${target}
cd ${target}
cache size 33554432
set cmd:parallel 10
mput -c ${source_dir}/*
ENDlftp -f lftp.script

Filezilla上传

如图所示，填写好登录所需的信息，然后双击进入目录。fasp
在右侧窗口，点击右键，选择。创建目录并进入
将左侧窗口要上传的文件拖动到右侧窗口，开始上传。
在菜单栏的——选择即可实现断点续传。传输对已存在文件的默认操作上传-继续文件传输
设置:重连次数编辑-设置-最大重试次数 99; 登陆重试延时 200; 超时秒数 20

上传完成后，需要给GEO的管理人员写一封邮件，大体内容如下：

Receiver: geo@ncbi.nlm.nih.govSubject: ftp uploadContext:Dear Sir/Madam, Thanks for you kindly host such great public data resource.I have successfully transferred my data to NCBI-GEO ftp sever. Here is the information you may be needed for further processing1. GEO account username: 我的GEO用户名
2. Names of the directory and files deposited: 文件上传的路径, 对应上
面的fasp/detination_dir/
3. Public release date: 2018-12-31 文件释放时间，一般可以设置的比较远If there is any format or content problem,  please do not hesitate to
contact me.Best, Name