R语言应用interactionR包进行亚组相加交互作用分析

在统计分析中交互作用是指某因素的作用随其他因素水平变化而变化,两因素共同作用不等于两因素单独作用之和(相加交互作用)或之积(相乘交互作用)。相互作用的评估是尺度相关的:乘法或加法。乘法尺度上的相互作用意味着两次暴露的综合效应大于(或小于)两次暴露单独效应的乘积。加性尺度上的相互作用意味着两次暴露的综合效应大于(或小于)两次暴露单独效应的总和。
目前在大量文章中只报道了乘法交互效应,而加法交互效应报道得较少。有文献表明,单单只用乘法交互效应低估了疾病协同的危险性,从而低估了发病率。
在这里插入图片描述
Rothman指出 logistic 或 Cox 回归模型中乘积项无统计学意义,
并不表示两因素无相加交互作用,也不表示无生物学交互作用,并从理论上探讨了用于评价因素间是否有区别于相乘交互作用的相加交互作用,以及三个评价指标:相对超危险度比(the relative excess risk due tointeraction,RERI)、归因比(the attributable proportion
due to interaction,AP)和交互作用指数(the synergy in-dex,SI)的构造和计算方法。

以最简单的两因素两水平为例。假设两暴露因子分别为 A、B。1 表示因素存在,0 表示因素不存在,因变量为疾病的发生与否。logistic 回归模型得到的 OR 值,作为相对危险度(RR)的估计值,OR _A0B0 表示 A、B 都不存在时发病的 OR 值,分析时作为参照组;OR _A1B0 表示仅 A 存在、B 不存在时发病的 OR 值;OR _A0B1 表示 A不存在、仅 B 存在时发病的 OR 值;OR _A1B1 表示 A、B共同存在时发病的 OR 值。
Rothman 用于评价相加交互作用的三个指标公式如下:
RERI= OR _A1B1 - OR _A0B1 - OR _A1B0 +1;
AP = RERI / OR _A1B1 ;
SI= (OR _A1B1 - 1) / [(OR _A0B1 - 1) + (OR _A1B0 - 1)]

由此看出:RERI是A和B同时暴露的发病率减去单独A和B的危险度,得出的一个超出部分的危险度。AP就是超出部分的危险度占总危险度的比例。SI就是A和B同时暴露的发病率增加的危险度除以单独A和B的发病增加的危险度。(体会一下)。

下面咱们使用interactionR包进行分析,先导入R包和数据

library(interactionR)
bc<-read.csv("E:/r/test/jiaohu1.csv",sep=',',header=TRUE)

在这里插入图片描述
这是个很简单的数据,oc是结局变量,alc 和 smk是暴露因素。
先建立模型

model.glm <- glm(oc ~ alc * smk,family = binomial(link = "logit"),data = OCdata)

代码很简单,就一句代码

out <- interactionR(model.glm, exposure_names = c("alc", "smk"), ci.type = "mover", ci.level = 0.95, em = F, recode = F)

interactionR包可以直接生成一个做好的word表格,连做表格都帮你省了。

interactionR_table(out)

在这里插入图片描述
这个表格可以在RStudio 的目录(或者你设定的目录)下找到

在这里插入图片描述
怎么看这个表格呢,根据发病的方法比较OR,见下图

在这里插入图片描述
如果将“ci类型”设置为“mover,就会选择variance recovery这种方法

out <-interactionR(model.glm,exposure_names = c("alc", "smk"),ci.type = "mover", ci.level = 0.95,em = FALSE, recode = FALSE)interactionR_table(out)

在这里插入图片描述
两个方法结果都差不多哈。下面演示一个包含三个二元变量数据,outcome 是结局变量, exp1 和exp2是暴露变量

d<-read.csv("E:/r/test/jiaohu2.csv",sep=',',header=TRUE)

在这里插入图片描述
方法基本一样,就是CI这里取的是"delta",recode = TRUE。

model.prev <- glm(outcome ~ exp1 * exp2, family = binomial(link = "logit"), data = d)out1<-interactionR(model.prev,exposure_names = c("exp1", "exp2"),ci.type = "delta", ci.level = 0.95,em = FALSE, recode = TRUE
)interactionR_table(out1)

在这里插入图片描述
我们看到多了个Effect of exp1 within the strata of exp2这个指标,大概的意思是exp1在exp2这个分层的效应。具体详情请参看:Zou GY. On the Estimation of Additive Interaction by Use of the Four-by-two Table and Beyond. American Journal of Epidemiology 2008; 168:212-24.这篇文章。

OK,本期文章结束,公众号回复:相加交互作用数据,可以获得文中两个数据,想进一步了解看下参考文献也是很有帮助的。

参考文献:

  1. Zou GY. On the Estimation of Additive Interaction by Use of the Four-by-two Table and Beyond. American Journal of Epidemiology 2008; 168:212-24.
  2. [1]许敏锐,强德仁,周义红,等.应用R软件进行logistic回归模型的交互作用分析[J].中国卫生统计, 2017, 34(4):4.DOI:CNKI:SUN:ZGWT.0.2017-04-043.
  3. Rothman K, Greenland S (1998). Modern Epidemiology. Lippincott - Raven Philadelphia, USA.
  4. Knol, M.J., VanderWeele, T.J., Groenwold, R.H.H. et al. Estimating measures of interaction on an additive scale for preventive exposures. Eur J Epidemiol 26, 433–438 (2011). https://doi.org/10.1007/s10654-011-9554-9

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.rhkb.cn/news/120523.html

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系长河编程网进行投诉反馈email:809451989@qq.com,一经查实,立即删除!

相关文章

java八股文面试[JVM]——JVM性能优化

JVM性能优化指南 JVM常用命令 jps 查看java进程 The jps command lists the instrumented Java HotSpot VMs on the target system. The command is limited to reporting information on JVMs for which it has the access permissions. jinfo &#xff08;1&#xff09;实时…

UniTask保姆级教程

目录 一、UniTask的简介和安装 https://github.com/Cysharp/UniTask.gitpathsrc/UniTask/Assets/Plugins/UniTask 空载性能测试 二、基础用法详解 三、基础用法扩展 四、进阶 五、VContainer简介 六、VContainer基础实例 方便快速查找 一、UniTask的简介和安装 项目地…

Medium: Where to Define Qualified users in A/B testing?

1. Common AB Testing Setup Issue (Framework) 局限性: unqualified users will also be considered and mess up experimentation results.

【力扣周赛】第 112 场双周赛

文章目录 竞赛链接Q1&#xff1a;7021. 判断通过操作能否让字符串相等 IQ2&#xff1a;7005. 判断通过操作能否让字符串相等 II&#xff08;贪心&#xff09;Q3&#xff1a;2841. 几乎唯一子数组的最大和竞赛时代码——滑动窗口 Q4&#xff1a;8050. 统计一个字符串的 k 子序列…

【设备树笔记整理7】实践操作

1 使用设备树给DM9000网卡_触摸屏指定中断 1.1 修改方法 根据设备节点的compatible属性&#xff0c;在驱动程序中构造/注册 platform_driver&#xff0c;在 platform_driver 的 probe 函数中获得中断资源。 1.2 实验方法 以下是修改好的代码&#xff1a;第6课第1节_网卡_触摸…

SIEM 中不同类型日志监控及分析

安全信息和事件管理&#xff08;SIEM&#xff09;解决方案通过监控来自网络的不同类型的数据来确保组织网络的健康安全状况&#xff0c;日志数据记录设备上发生的每个活动以及整个网络中的应用程序&#xff0c;若要评估网络的安全状况&#xff0c;SIEM 解决方案必须收集和分析不…

C/C++源程序到可执行程序exe的全过程(及汇编和反汇编的区别)

1.C/C源程序到可执行程序exe的全过程&#xff08;及汇编和反汇编的区别&#xff09; 一个现代编译器的主要工作流程如下&#xff1a; 源程序&#xff08;source code&#xff09;→预处理器&#xff08;preprocessor&#xff09;→编译器&#xff08;compiler&#xff09;→汇…

解决uniapp手机真机调试时找不到手机问题

1、检查 USB 调试是否开启 2、检查是否有选择 文件 传输 选项 3、如果上述都做了还找不到&#xff0c;可以看看开发者选项中的【USB设置】&#xff0c;把模式改为 MIDI 模式

ToBeWritten之ATTCK 场景实践

也许每个人出生的时候都以为这世界都是为他一个人而存在的&#xff0c;当他发现自己错的时候&#xff0c;他便开始长大 少走了弯路&#xff0c;也就错过了风景&#xff0c;无论如何&#xff0c;感谢经历 转移发布平台通知&#xff1a;将不再在CSDN博客发布新文章&#xff0c;敬…

PHP8创建数组-PHP8知识详解

在php 8中&#xff0c;您可以使用以下方法创建数组&#xff1a;使用数组字面量创建数组、使用 array() 函数创建数组、通过赋值的方式创建数组、使用array_push()函数将元素添加到数组末尾、使用range()函数创建数值数组、使用compact()函数创建带有变量名的数组、使用array_fi…

基于PyTorch的交通标志目标检测系统

一、开发环境 Windows 10PyCharm 2021.3.2Python 3.7PyTorch 1.7.0 二、制作交通标志数据集&#xff0c;如下图 三、配置好数据集的地址&#xff0c;然后开始训练 python train.py --data traffic_data.yaml --cfg traffic_yolov5s.yaml --weights pretrained/yolov5s.pt --e…

深入理解线段树

大家好&#xff0c;我是 方圆。线段树&#xff08;Segment Tree&#xff09; 是常用的维护 区间信息 的数据结构&#xff0c;它可以在 O(logn) 的时间复杂度下实现单点修改、区间修改、区间查询&#xff08;区间求和、区间最大值或区间最小值&#xff09;等操作&#xff0c;常用…

发生OOM时JVM会退出吗

程序是否退出和发生 OOM 无关 需要明确&#xff0c;程序是否退出和发生 OOM 无关&#xff0c;而和当前是否还有存活的非守护线程有关。 只要还有运行中的子线程&#xff0c;即使 main 线程结束或异常崩溃了&#xff0c;程序也不会停止。 public class TestThreadRun {privat…

Ubuntu下Python3与Python2相互切换

参考文章&#xff1a;https://blog.csdn.net/Nicolas_shen/article/details/124144931 设置优先级 sudo update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python2 100 sudo update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python3 200

Spring Cloud--从零开始搭建微服务基础环境【四】

&#x1f600;前言 本篇博文是关于Spring Cloud–从零开始搭建微服务基础环境【四】&#xff0c;希望你能够喜欢 &#x1f3e0;个人主页&#xff1a;晨犀主页 &#x1f9d1;个人简介&#xff1a;大家好&#xff0c;我是晨犀&#xff0c;希望我的文章可以帮助到大家&#xff0c;…

vue前端解决跨域

1,首先 axios请求&#xff0c;看后端接口路径&#xff0c;http://122.226.146.110:25002/api/xx/ResxxList&#xff0c;所以baseURL地址改成 ‘/api’ let setAxios originAxios.create({baseURL: /api, //这里要改掉timeout: 20000 // request timeout}); export default s…

LeetCode41.缺失的第一个正数

看到题目难度是hard的时候我就想先写半个小时试试看&#xff0c;如果没思路就看题解&#xff0c;没想到我就写了10来分钟就给通过了&#xff0c;通过的时候我都不敢相信&#xff0c;我感觉我是走了后门的&#xff0c;因为我用了 Arrays.sort()方法&#xff0c;他的时间复杂度是…

【云原生】容器编排工具Kubernetes

目录 一、 K8S介绍 官网地址&#xff1a; 1.1docker编排与k8s编排相比 1.2特性 1.3功能 二、K8S重要组件 2.1核心组件 &#xff08;1&#xff09;Kube-apiserver &#xff08;2&#xff09;Kube-controller-manager &#xff08;3&#xff09;Kube-scheduler &#x…

基于亚马逊云科技打造的游戏AIGC专业版,创梦天地快速上线AI生图服务

生成式人工智能&#xff08;以下简称“生成式AI”&#xff09;的热潮正在全球范围内掀起新一轮的科技革命&#xff0c;释放出巨大的商业价值。各类“AI绘画神器”的涌现&#xff0c;为创意行业带来了翻天覆地的变化。 在游戏领域&#xff0c;生成式AI技术也吸引了玩家们的广泛关…

AJAX学习笔记5同步与异步理解

AJAX学习笔记4解决乱码问题_biubiubiu0706的博客-CSDN博客 示例 前端代码 <!DOCTYPE html> <html lang"en"> <head><meta charset"UTF-8"><title>演示AJAX同步和异步</title> </head> <body> <script…