7+共病思路。WGCNA+多机器学习+实验简单验证,易操作


今天给同学们分享一篇共病+WGCNA+多机器学习+实验的生信文章“Shared diagnostic genes and potential mechanism between PCOS and recurrent implantation failure revealed by integrated transcriptomic analysis and machine learning”,这篇文章于2023年5月16日发表在Front Immunol期刊上,影响因子为7.3。

8bda768a2270fc6d7f5c83fcb6c6c6ae.jpeg

多囊卵巢综合征(PCOS)是一种复杂的内分泌代谢紊乱疾病,影响着5-10%的生育年龄妇女。PCOS患者的子宫内膜存在改变的免疫细胞,导致慢性低度炎症,这是反复植入失败(RIF)的原因之一。

5c4660147c13eac0e3bb660b2f08bd4e.jpeg

图1 整个设计的流程图


1. GEO信息

根据作者的纳入标准,共选择了四个数据集进行发现性分析:GSE10946、GSE34526、GSE103465和GSE111974。其中,GSE10946和GSE34526被用作PCOS的发现队列,而GSE103465和GSE111974被视为RIF的发现队列。此外,GSE80432和GSE26787分别是PCOS和RIF的验证队列。在本研究中,作者简称这两个疾病组为PCOS和RIF。


2. 差异基因的鉴定

在进行生物信息分析之前,作者测试了收集的数据集的批次效应,并发现两种疾病的批次效应明显(图2A,E)。使用“sva”软件包,作者去除了PCOS(图2B)和RIF组(图2F)的批次效应,以获得可靠的分析结果。然后使用LIMMA软件包对两组之间的差异表达基因(DEGs)进行表征。对于PCOS,获得了201个DEGs(P<0.05,|log2 FC|>0.585),其中101个上调基因和100个下调基因。对于RIF,有253个DEGs(adj. P<0.05,|log2 FC|>1),其中167个上调基因和86个下调基因。火山图显示了PCOS(图2C)和RIF(图2G)组的所有DEGs。总体而言,通过热图(图2D,H)可视化了这两组中包含的DEGs。与PCOS和RIF相关的DEGs可能在它们的发生和发展中起到一定作用。

34593971d39cdd0ad7eb39cfc29ad9dc.jpeg

图2 去除批次效应并在PCOS和RIF中识别差异表达基因(DEGs)


3.&nbsp;通过WGCNA筛选关键模块

为了调查疾病和关键基因是否相关,作者除了分析两组之间的差异表达外,还进行了WGCNA。使用软阈值方法,本研究构建了一个共表达网络。这个参数β对于共表达网络保持无标度拓扑结构至关重要。基于基因表达数据的生物网络很可能是无标度的。因此,在PCOS组中,拟合指数大于0.85被认为是无标度拓扑结构,β被设定为9(图3A)。通过使用邻接函数,生成了邻接矩阵。如图3B所示,使用TOM差异度量构建了层次聚类。作者总共确定了20个共表达模块。P<0.05的模块被视为关键模块。如图3C所示,antiquewhite4模块具有最强的正相关性,其中包含180个基因。同样,WGCNA也应用于RIF组,β=10是软功率的最佳值(图3D)。作者总共确定了19个模块,其中深灰色、深绿色和皇家蓝显示出强烈的正相关性,而绿黄色、鲑鱼色、深青色和浅黄色模块显示出强烈的负相关性(图3E,F)。在RIF组的这7个关键模块中的基因中,作者进一步选择了334个具有|MM| > 0.8和|GS| > 0.5的基因。这些来自两组关键模块的基因可能被用作候选的细胞特异性标记物。

c59fb1f89008b7e98bbf1b346ab9340d.jpeg

图3 加权基因共表达网络分析(WGCNA)在多囊卵巢综合征(PCOS)和反复植入失败(RIF)中的应用


4.&nbsp;共享基因的分析和功能富集

为了探索多囊卵巢综合征(PCOS)和反复流产(RIF)的共同发病机制,作者分别取上述差异表达基因(DEGs)和WGCNA筛选的基因的交集。图4A显示了PCOS和RIF的DEGs之间的交集,共有11个基因(CHST11,FAM150B,GLIPR1,SLC16A6,MAMLD1,SLC46A2,ENPP3,HAPLN1,PLCXD3,FAM110C,GAS1)。WGCNA分析的基因中只有一个与之交集(CCND2,图4B)。作者推测这12个基因可能与PCOS和RIF的发病机制有关,并且存在共同关系(图4C)。通过对这些基因进行功能注释和富集分析(图4D,E),作者试图研究PCOS和RIF之间的潜在生物学变化。共享基因的GO分析显示它们在早期胚胎器官形态发生相关通路中过度表达。值得注意的是,在所有富集的GO术语中,作者注意到有几个显著富集的生物过程通路,例如调节T细胞凋亡过程、肥大细胞激活和白细胞稳态,这表明免疫细胞的激活和凋亡可能对PCOS和RIF的共同发病机制有着重要贡献。此外,KEGG富集结果与GO分析一致。另外,作者还注意到几个与卵泡发育相关的通路富集,例如p53信号通路、FOXO信号通路、Hippo信号通路和PI3K-Akt信号通路。

3aa172ac351fe793b3e31357870369d9.jpeg

图4 PCOS和RIF之间的共享基因签名和功能富集


5.&nbsp;基于机器学习算法,识别潜在的共享诊断基因

为了进一步选择具有显著特征值以区分疾病组和对照组的最佳诊断基因靶点,作者基于上述12个共享基因应用了三种不同的算法(LASSO、SVM-RFE和随机森林)。在PCOS组中,根据LASSO系数曲线和最佳调参选择图,将λ设定为0.06851194(PCOS)(图5A)。随后,找到了8个具有非零系数的基因。然后,作者将上述12个基因输入RF分类器,并在重要性尺度上显示了前10个基因。作者选择了0.9作为重要性筛选阈值,并确定了一组包含9个基因的集合(图5B)。此外,SVM算法确定了5个具有最低5点交叉验证误差和最佳5点交叉验证准确性的基因(图5C)。通过将这三种算法重叠,作者确定了5个共享生物标志物(CHST11、GLIPR1、SLC16A6、MAMLD1、HAPLN1、GAS1)用于PCOS组(图5D,I)。

d5089877567c185dfa97742d4593f29b.jpeg

图5 使用三种机器学习算法筛选候选的PCOS和RIF诊断基因


同样地,当使用LASSO算法将λ设置为0.03001025时,作者得到了7个特征基因,用于RIF组(图5E)。图5F显示了重要性排名前10的基因,作者选择了9个基因(重要性>0.9)作为RM结果。接下来,使用SVM-REF算法确定了10个中心基因子集(图5G)。然后,通过三种算法获得的7个共同基因标志物重叠(图5H,I)。


6.&nbsp;诊断中心生物标志物的诊断价值和验证

为了更准确地了解多囊卵巢综合征(PCOS)和反复植入失败(RIF)之间的关系,作者对PCOS和RIF群体的机器学习结果进行了交集分析,并得到了2个共享的诊断基因,GLIPR1和MAMLD1(图6A)。通过分析这两个基因的表达模式,评估了共享诊断基因的预测和鉴别能力。此外,还进行了受试者工作特征曲线(ROC曲线)的分析。


be3c049f3da19199da9c70c6a46dc43b.jpeg

图6 选择和验证两个共享的诊断基因


首先,作者分析了两个发现队列中PCOS和RIF的表达水平。图6B显示GLIRP1在RIF组中较低(P<0.01),在PCOS组中较高(P<0.01)。MAMLD1在PCOS组(P<0.01)和RIF组(P<0.0001)中均表达较低(图6F)。


接下来,为了测试这两个目标基因在两种疾病诊断中的特异性和敏感性,作者进行了ROC分析。在多囊卵巢综合征生物标志物方面,这两个基因的结果是有利的:GLIPR1(AUC=0.812)和MAMLD1(AUC=0.774)。RIF组也经过了相同的ROC分析。每个生物标志物的预测性能都很强:GLIPR1(AUC=0.723)和MAMLD1(AUC=0.879)(图6C,G)。


此外,作者通过进行外部验证,确认了GLIPR1和MAMLD1作为多囊卵巢综合征(PCOS)和反复流产(RIF)的核心诊断基因的可靠性。在两个验证组中,这两个关键基因的表达水平与发现组相匹配。GLIPR1在RIF组中降低(P<0.05),在PCOS组中增加(P<0.05)(图6D)。MAMLD1在PCOS组(P<0.01)和RIF组(P<0.05)中均减少(图6H)。图6E显示,GLIPR1在PCOS验证队列中具有出色的诊断准确性(AUC=1.000),在RIF验证队列中也具有良好的诊断准确性(AUC=0.920)。同样,MAMLD1也能正确诊断PCOS(AUC=1.000)和RIF(AUC=0.840)(图6I)。因此,结果证实了它们作为PCOS和RIF的关键鉴别分子的能力。


7.&nbsp;诊断基因的单基因GSEA

随后,作者分别在PCOS和RIF数据集中使用单基因GSEA分析了这两个生物标志物,并使用“GSEA”软件包可视化了前5个上调和下调的通路。图7显示,在这两个疾病组中,这两个基因都参与了代谢通路,如甘氨酸、丝氨酸、苏氨酸代谢、α-亚麻酸代谢和丙酸代谢。此外,这两个基因还富集在与炎症相关的通路中,将PCOS和RIF联系在一起。

0f849bf9717aaa2702bff265a8e3db5b.jpeg

图7 单个诊断基因的GSEA(A,B)


8. 免疫浸润分析

考虑到多囊卵巢综合征(PCOS)和反复植入失败(RIF)都具有高免疫反应的特点。作者使用CIBERSORT分析了不同组别中免疫细胞的丰度。在每个组别中,22种免疫细胞的比例以条形图的形式展示。总体而言,条形图清楚地显示了PCOS(图8A)和RIF(图8E)之间T细胞、巨噬细胞和NK细胞群体百分比之间的显著差异。与对照样本相比,PCOS样本中的活化树突状细胞增加了(图8B)。而在RIF样本中,休息的NK细胞、巨噬细胞M0增加,γδT细胞和活化树突状细胞减少(图8F)。

dfa68f74191f7a56ddbdf87c06e335f3.jpeg

图8 PCOS和RIF免疫细胞组成


9.&nbsp;在人体组织中通过RT-PCR验证GLIPRand MAMLD的有效性

对正常女性和多囊卵巢综合征(PCOS)患者的卵泡液颗粒细胞以及健康和反复流产(RIF)女性的子宫内膜组织进行了RT-PCR检测。这证实了两个诊断生物标志物GLIPR1和MAMLD1的基因表达水平。与数据分析一致,作者的结果显示,PCOS患者的颗粒细胞中GLIPR1的表达上调,而MAMLD1的表达下调(图9A),而RIF患者的子宫内膜组织中GLIPR1和MAMLD1的表达均减少(图9B)。

5bfa9998aa7eadffed9bc417771e985a.jpeg

图9 在人体组织中验证RT-PCR


总结

总之,诊断生物标志物GLIPR1和MAMLD1被确定为关键生物标志物,负责调节由TCA循环代谢物失衡引起的免疫细胞激活。作者的分析加强了PCOS患者反复流产的共病发病理论基础。




本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.rhkb.cn/news/175232.html

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系长河编程网进行投诉反馈email:809451989@qq.com,一经查实,立即删除!

相关文章

人到中年应该怎么交朋友

听人劝、吃饱饭,奉劝各位小伙伴,不要订阅该文所属专栏。 作者:不渴望力量的哈士奇(哈哥),十余年工作经验, 跨域学习者,从事过全栈研发、产品经理等工作,现任研发部门 CTO 。荣誉:2022年度博客之星Top4、博客专家认证、全栈领域优质创作者、新星计划导师,“星荐官共赢计…

虚拟机克隆

linux系统的组成&#xff1b; 主根目录和根目录; 所有的根目录都包含在主根目录中&#xff1b; 根目录&#xff1a; /root /home/xxx,yyy,zzz;主根目录&#xff1b;/ 一个重要的子目录&#xff1a;etc passwd, 保存了所有的三类用户信息&#xff1b;bashrc, 可以设置别名 及…

HarmonyOS开发:基于http开源一个网络请求库

前言 网络封装的目的&#xff0c;在于简洁&#xff0c;使用起来更加的方便&#xff0c;也易于我们进行相关动作的设置&#xff0c;如果&#xff0c;我们不封装&#xff0c;那么每次请求&#xff0c;就会重复大量的代码逻辑&#xff0c;如下代码&#xff0c;是官方给出的案例&am…

阿里云推出通义千问App,提供全方位的协助

&#x1f989; AI新闻 &#x1f680; 阿里云推出通义千问App&#xff0c;提供全方位的协助 摘要&#xff1a;阿里云旗下大模型通义千问App登陆各大安卓应用市场&#xff0c;具有超大规模预训练模型&#xff0c;可在创意文案、办公助理、学习助手、趣味生活等方面协助用户。功…

Transformer.js简明教程【Web AI】

Transformers.js 可在你的 Web 浏览器中实现最先进的机器学习&#xff0c;无需服务器。 它提供预训练模型和熟悉的 API&#xff0c;支持自然语言处理、计算机视觉、音频和多模态领域的任务。 借助 Transformers.js&#xff0c;开发人员可以直接在浏览器中运行文本分类、图像分类…

RPC与HTTP的关系

首选理清楚关系 RPC与HTTP是两个不同维度的东西 HTTP 协议&#xff08;Hyper Text Transfer Protocol&#xff09;&#xff0c;又叫做超文本传输协议&#xff0c;是一种传输协议&#xff0c;平时通过浏览器浏览网页网页&#xff0c;用到的就是 HTTP 协议。 而 RPC&#xff0…

Flutter FittedBox

&#x1f525; 英文单词FittedBox &#x1f525; Fitted 通过有道翻译如下 &#xff1a; Box 通过有道翻译如下 &#xff1a; 对 FittedBox 的理解 我们可以将 FittedBox 理解为合适的盒子&#xff0c;将其它布局放到FittedBox这样一个盒子中&#xff0c;从而实现 盒子里面的…

ceph高可用

配置基础环境 # 关闭防火墙 systemctl stop firewalld systemctl disable firewalld# 关闭selinux setenforce 0 sed -i s/^SELINUX.*/SELINUXdisabled/ /etc/selinux/config 安装基础环境 然后安装ceph的密钥&#xff0c;centos7和8都要执行&#xff0c;下面不特别说明都是c…

一文详解汽车电子LIN总线

0.摘要 汽车电子LIN总线不同于CAN总线。 LIN总线基本上是CAN总线的廉价补充&#xff0c;相比于CAN总线&#xff0c;它提供较低的可靠性和性能。同时LIN总线也是一个应用非常广泛的网络协议&#xff0c;并且越来越受欢迎。 再一次&#xff0c;我们准备了一个关于LIN总线的简要…

SurfaceFliger绘制流程

前景提要&#xff1a; 当HWComposer接收到Vsync信号时&#xff0c;唤醒DisSync线程&#xff0c;在其中唤醒EventThread线程&#xff0c;调用DisplayEventReceiver的sendObjects像BitTub发送消息&#xff0c;由于在SurfaceFlinger的init过程中创建了EventThread线程&#xff0c…

【Proteus仿真】【STM32单片机】便携式恒温箱设计

文章目录 一、功能简介二、软件设计三、实验现象联系作者 一、功能简介 本项目使用Proteus8仿真STM32单片机控制器&#xff0c;使用报警模块、LCD1602显示模块、DS18B20温度模块、加热制冷模块、按键模块、HC05蓝牙模块等。 主要功能&#xff1a; 系统运行后&#xff0c;LCD1…

Leetcode刷题详解——不同路径 II

1. 题目链接&#xff1a;63. 不同路径 II 2. 题目描述&#xff1a; 一个机器人位于一个 m x n 网格的左上角 &#xff08;起始点在下图中标记为 “Start” &#xff09;。 机器人每次只能向下或者向右移动一步。机器人试图达到网格的右下角&#xff08;在下图中标记为 “Finis…

连铸生产线液压系统比例伺服阀放大器

连铸生产线液压系统是连铸机的关键组成部分&#xff0c;它由液压站组成&#xff0c;包括高压泵站、剪切机泵站、滑动水口站、塞棒液压站、中间罐车液压站和倾翻台液压站。这些站点通过管道连接&#xff0c;共同实现连铸机的各类动作&#xff0c;如升降、横移、定位、锁紧及辊缝…

TCP/IP(十七)实战抓包分析(一)ICMP

一 TCP实战抓包分析 网络排查案例 ① 抓包分析涉及的内容 关于&#xff1a; TCP理论知识和tcpdump命令的知识,前面已经铺垫过了,这里不再赘述下面罗列了TCP的重点知识 客户端工具&#xff1a; curl、wget、postman、telnet、浏览器、ncwget --bind-addressADDRESS 指定…

酷开科技,让家庭更有温度!

生活中总有一些瞬间&#xff0c;会让我们感到无比温暖和幸福。一个拥抱、一句问候、一杯热茶&#xff0c;都能让我们感受到家庭的温馨和关爱。酷开科技也用自己的方式为我们带来了独属于科技的温暖&#xff0c;通过全新的体验将消费者带进一个充满惊喜的世界&#xff0c;让消费…

如何在Android设备上检查应用程序使用情况,包括使用时间

你可能不知道自己花了多少时间在手机上。很可能你一天中有一半的时间都在盯着手机屏幕。如果你怀疑这一事实,你会很快核实的。在这篇文章中,我们将向你介绍如何在Android设备上检查应用程序的使用情况。 如何在Android上检查应用程序电池使用情况 你使用时间最长的应用程序…

Python爬虫实战(六)——使用代理IP批量下载高清小姐姐图片(附上完整源码)

文章目录 一、爬取目标二、实现效果三、准备工作四、代理IP4.1 代理IP是什么&#xff1f;4.2 代理IP的好处&#xff1f;4.3 获取代理IP4.4 Python获取代理IP 五、代理实战5.1 导入模块5.2 设置翻页5.3 获取图片链接5.4 下载图片5.5 调用主函数5.6 完整源码5.7 免费代理不够用怎…

第18章_MySQL8其它新特性

第18章_MySQL8其它新特性 讲师&#xff1a;尚硅谷-宋红康&#xff08;江湖人称&#xff1a;康师傅&#xff09; 官网&#xff1a;http://www.atguigu.com 1. MySQL8新特性概述 MySQL从5.7版本直接跳跃发布了8.0版本&#xff0c;可见这是一个令人兴奋的里程碑版本。MySQL 8版…

Qt显示中文

中文&#xff1a; unicode&#xff1a;\u4e2d\u6587 utf8&#xff1a;0xE4,0xB8,0xAD,0xE6,0x96,0x87 str 是UI上直接写中文&#xff0c;在这里获取得出的是unicode&#xff1b; str1是得到unicode&#xff0c;相当于fromUtf8() 是将utf8转成unicode&#xff1b; str2是得到…

最新版上门服务小程序源码 同城技师上门服务系统源码

最新版上门服务小程序源码 同城技师上门服务系统源码 需要了解的请看文末 系统介绍&#xff1a; 1、数据概况&#xff08;新增业务城市用户投票功能&#xff0c;更加直观的查看业务城市的关注度、人气和影响力,促进业务开展&#xff09; 2、数据概况 &#xff08;增加可视化…