GENEVESTIGATOR

“基因研究员”，帮助研究者对已经发表的公共数据进行查询、比较和可视化呈现。
主页： https://genevestigator.com/
先在线注册一个帐号，注册时会选择Data Preference: 分 biomedical 生物医学偏动物和医学或plant biology植物，我主做植物选择了plant biology，一定要使用学校和科研单位学术邮箱可以免费使用基础版，每次查询4个基因；否则需要付费才可以使用。注册完成需要进邮箱点激活链接才能使用。
先下载软件，安装，运行，需要使用刚才申请的帐号和密码才能进入软件主界面。

使用实例

最简单的例子-查找拟南芥基因At3g29430在发表研究中的表达

在左侧上部Quick Search栏输入’At3g29430’，点击Search按扭，瞬间返回了10615个查询结果，单击可散点图呈现。软件界面、操作顺序和结果展示如下图：

从选择的实验或样品中查看指定基因表达

本示例以查询拟南芥中At3g29430 At3g32040基因是否在低氮、低磷胁迫条件下上调表达，来提高设计表型筛选条件的成功可能性。

点击左上 “Get start” 使用向导按扭，弹出窗口左侧单击 “View expression across samples from a choose study”
- 出发点：对某一研究感觉兴趣；
- 目标：查看样品中的基因表达；

操作方法：

选择1个或多个感兴趣的实验:点击右侧 “Experiments”蓝色链接，新窗口中有所有收集实验的列表，可在上方Filter后面文本框查找关键字过滤，如搜索”nitrogen”,会自动过滤相关研究；此时我们再单击下方的“Filter by platform”可以按物种和测序平台两次筛选，这里我们选择Arabidopsis(可以进一步展开拟南芥来选择其中不同的数据类型，如affymetrix, mRNA-seq)，结果只有5个实验符合条件，点击样品上方的复选框全选所有实验，或单独选择感觉兴趣的实验，点击下方”OK”即开始向服务器查询相关84个样品的表达数据；点Close关闭之前的使用向导窗口；
输入基因ID查询：在左下方 “Gene Selection” 区域选择”new”，添加需要查询的基因，每个ID一行，本示例以查询拟南芥中At3g29430 换行 At3g3204，点OK，弹出查找基因列表再点OK，即返回查询结果；
查看表达值：主界面右侧上部”Samples”工具，我们看到了两个目标基因在84个样品中的表达值。如下图所示：
结果说明：结果默认按散点图展示表达，不同基因用不同颜色显示；
1. 图左侧为样品名称，一般包括简单实验条件描述；
2. 图上部为表达量刻度，将表达分为LOW MEDIUM(IQR)和HIGH三类，MEDIUM(IQR)中是指处于整体中间50%基因的表达范围，高和低分别两端各25%基因表达范围；
3. 窗口上部为工具栏，可调显示样式，如Display可选散点图Scatterplot或热图heatmap呈现基因表达值；基因表达值默认为标准化的RPM进行log2对数变换，也可选择不做变换的原始值linear；想关注实验中高或低表达的状态，可以选择sort signal values对样品组中表达值进行排序，多基因时，可以点选基因的图例来选择按哪个基因排序；Copy按钮可以在点选单个样品时，复制基因的表达值，粘贴结果为AT3G29430 6.692795 AT3G32040 8.85259;点new会对当前查询结果在程序中复制一次?(可能为进一步筛选或添加基因做备份)；右端的文本框中可以输入关键字进一步筛选样品，匹配部分会高亮显示，可用左右箭头来控制浏览上一个或下一个匹配结果。想读原版帮助的小伙伴点击最右侧的Help吧。
4. 样品信息：鼠标悬停在样本上，会弹出样本相关信息描述，按F2可将弹窗固定观看，想进一步了解样品信息或文章原文，也可点击GEO和PMID链接。如下图：
结果解读：我计划找nitrogen处理下是否存在差异表达，结果显示没有差异；我接下来又尝试了drought, salt, phosphate等多种实验条件，终于找到了符合预期的结果，筛选到的条件作为实验条件，相比盲目设计多组实验极大的减少了工作量，实验的小伙伴们敢快用起来吧。
添加更多相关基因展示：在左下角基因选择栏目，点击Add，可以添加更多的基因ID，如我继续添加了At3g29410 At3g29400 At3g32030，可以呈现最多10个基因表达同时显示；散点图会有重叠，个人建议超过三个以上基因用势力呈现更容易解读，如下图。
跨物种研究：在左下角基因选择窗口Gene Selection，对正在分析的项目点右键，选择Create Orthologs，可以寻找多种植物中的同源基因，这里我们选择Oryza Sative水稻，点确定找到9个同源基因；再点左上方数据选择窗口Data Selection中New，默认即可以搜索水稻数据库，可进一步手动选择实验或直接OK(默认选择所有样本)即可，返回水稻中相关研究中这些基因的表达；如下图所示展示原始表达值的热图(linear heatmap)：

这个软件功能非常强大，还可进行以下方面的分析，操作简单，按照引导或帮助很容易上手，我就不再一一描述了。

其它主要功能

在指定的两种条件下查询差异表达基因 Find genes differentially expressed between two chosen conditions
- 出发点：发现了某个发表的实验很有趣，想找其中差异表达基因；
- 目标：鉴定差异表达基因，典型的比较为处理：末处理；突变体：野生型；
查找某基因在哪种组织中特异表达 Find in which tissues a gene is expressed
查找调节某基因表达的条件 Find conditions regulating a gene of interest
查找组织特异表达的基因 Find genes specifically expressed in chosen tissues
自己数据与公共数据进行比较 Compare your results with curated public studies
跨物种研究同源基因表达模式 Find orthologs having the most likely conserved function
为RT-PCR实验找参考基因 Find suitable reference genes for RT-qPCR
找某种特定处理条件下的生物标记物 Find biomarker for a specific treatment