R语言【paleobioDB】——pbdb_orig_ext():绘制随着时间变化而出现的新类群

Package paleobioDB version 0.7.0

paleobioDB 包在2020年已经停止更新,该包依赖PBDB v1 API。

可以选择在Index of /src/contrib/Archive/paleobioDB (r-project.org)下载安装包后,执行本地安装。


Usage

pbdb_orig_ext (data, rank, 
temporal_extent, res, orig_ext,  
colour="#0000FF30", bord="#0000FF", do.plot=TRUE)

Arguments

参数【data】:输入的数据,数据帧格式。可以通过 pbdb_occurrences() 函数 传参 show = c("phylo", "ident") 获得数据。

参数【rank】:设置感兴趣的分类阶元。可选项包括:“species”,“genus”,“family”,“order”,“class” 和 “phylum”。默认值为 “species”

参数【temporal_extent】:设置时间范围,向量型(min,max)。

参数【res】:数值型。设置时间范围的时间段刻度。

参数【orig_ext】1 表示出现,2 表示灭绝。

参数【colour】:改变图中柱子的颜色。默认为 skyblue2

参数【bord】:设置图形边界的颜色。

参数【do.plot】TRUE/FALSE。默认为 TRUE


Value

返回一个数据帧,在选定的时间范围内,展示目标分类阶元的第一次出现次数和灭绝次数。并且绘制图形。


Example

library(paleobioDB)
library(RCurl)options(RCurlOptions = list(cainfo = system.file("CurlSSL", "cacert.pem", package = "RCurl")))canidae<-  pbdb_occurrences (limit="all", vocab="pbdb",
+                              base_name="Canidae", show=c("phylo", "ident"))

> pbdb_orig_ext (canidae, rank="genus", temporal_extent=c(0, 10), 
+                res=1, orig_ext=1) new ext
1-2 to 0-1    2   2
2-3 to 1-2    0   0
3-4 to 2-3    3   2
4-5 to 3-4    8   6
5-6 to 4-5    3   4
6-7 to 5-6    5   0
7-8 to 6-7    0   0
8-9 to 7-8    0   0
9-10 to 8-9   0   0

> pbdb_orig_ext (canidae, rank="species", temporal_extent=c(0, 10), 
+                res=1, orig_ext=2) new ext
1-2 to 0-1    7  14
2-3 to 1-2   10  14
3-4 to 2-3   39  13
4-5 to 3-4   24  16
5-6 to 4-5   14   9
6-7 to 5-6   21   0
7-8 to 6-7    0   0
8-9 to 7-8    1   0
9-10 to 8-9   2   0


Page

function (data, rank, temporal_extent, res, orig_ext = 1, colour = "#0000FF30", bord = "#0000FF", do.plot = TRUE) 
{temporal_range <- pbdb_temp_range(data = data, rank = rank, do.plot = FALSE)te <- temporal_extentsequence <- seq(from = min(te), to = (max(te)), by = res)intv <- data.frame(min = sequence[1:length(sequence) - 1], max = sequence[2:length(sequence)])labels1 <- paste(intv[, 1], intv[, 2], sep = "-")labels2 <- paste(labels1[2:(length(labels1))], labels1[1:(length(labels1) - 1)], sep = " to ")res_sp <- list()for (i in 1:dim(intv)[1]) {intvv <- intv[i, ]cases1 <- which(as.numeric(temporal_range$min) >= intvv$min & as.numeric(temporal_range$min) <= intvv$max & as.numeric(temporal_range$max) >= intvv$max)cases2 <- which(as.numeric(temporal_range$min) <= intvv$min & as.numeric(temporal_range$max) <= intvv$max & as.numeric(temporal_range$max) >= intvv$min)cases3 <- which(as.numeric(temporal_range$min) <= intvv$min & as.numeric(temporal_range$max) >= intvv$max)cases <- unique(c(cases1, cases2, cases3))sps <- temporal_range[cases, ]res_sp[[i]] <- sps}change <- data.frame()for (i in length(res_sp):2) {new_taxa <- length(setdiff(row.names(res_sp[[i - 1]]), row.names(res_sp[[i]])))ext <- length(setdiff(row.names(res_sp[[i]]), row.names(res_sp[[i - 1]])))col <- c(new_taxa, ext)change <- rbind(change, col)}names(change) <- c("new", "ext")change <- change[rev(as.numeric(row.names(change))), ]row.names(change) <- labels2if (do.plot == TRUE) {ymx <- max(change[, orig_ext])ymn <- min(change[, orig_ext])xmx <- sequence[length(sequence) - 1]xmn <- sequence[2]plot.new()par(mar = c(5, 5, 2, 5), font.lab = 1, col.lab = "grey20", col.axis = "grey50", cex.axis = 0.8)plot.window(xlim = c(xmx, xmn), xaxs = "i", ylim = c(ymn, ymx), yaxs = "i")abline(v = seq(xmn, xmx, by = res), col = "grey90", lwd = 1)abline(h = seq(0, ymx, by = (ymx/10)), col = "grey90", lwd = 1)xx <- c(xmn, sequence[2:(length(sequence) - 1)], xmx)yy <- c(0, change[, orig_ext], 0)polygon(xx, yy, col = colour, border = bord)axis(1, line = 1, labels = labels2, at = xx[-c(1, length(xx))])axis(2, line = 1, las = 1)mtext("Million years before present", line = 3, adj = 1, side = 1)mtext(paste("Number of ", rank, sep = ""), line = 3, adj = 0, side = 2)title(ifelse(orig_ext == 1, "First appearences", "Last appearences"))}return(change)
}

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.rhkb.cn/news/239459.html

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系长河编程网进行投诉反馈email:809451989@qq.com,一经查实,立即删除!

相关文章

python爬虫小练习——爬取豆瓣电影top250

爬取豆瓣电影top250 需求分析 将爬取的数据导入到表格中&#xff0c;方便人为查看。 实现方法 三大功能 1&#xff0c;下载所有网页内容。 2&#xff0c;处理网页中的内容提取自己想要的数据 3&#xff0c;导入到表格中 分析网站结构需要提取的内容 代码 import requests…

使用composer构建软件包时文件(夹)权限设置

在构建软件包的时候你可能会需要对包源内文件或文件夹的权限做出相应的调整&#xff0c;以确保软件包在部署到客户端后可以正常运行。在此之前我们先来了解一下Apple文件系统内文件或文件夹的权限设定。 常见的文件或文件夹会有Owner, Group, Everyone这三种类型的所有权&#…

Springboot + websocket 实现 一对一 单人聊天

Springboot websocket 实现 一对一 单人聊天 要使用websocket ,需要添加 jar 打开项目中的pom.xml,添加以下内容 创建java端代码 配置websocke的endpoints 配置websocket的server ServerEndpoint(value "/websocket/{username}") 这句话 一定要注意, 这里 路…

【计算机网络】内容整理

概述 分组交换 分组交换则采用存储转发&#xff08;整个包必须到达路由器&#xff0c;然后才能在下一个链路上传输)技术。 在发送端&#xff0c;先把较长的报文划分成较短的、固定长度的数据段。 电路交换 在端系统间通信会话期间&#xff0c;预留了端系统间沿路径通信所需…

安卓手机变iOS!

Launcher iOS 16 - 安卓手机秒变iOS Launcher iOS 16 是一款iOS启动器&#xff0c;可以将安卓手机桌面变成iOS样子&#xff0c;还有iOS的开机动画和景深效果&#xff01; 下载链接&#xff1a;【Launcher iOS 16】 ​

R语言【paleobioDB】——pbdb_subtaxa():统计指定类群下的子类群数量

Package paleobioDB version 0.7.0 paleobioDB 包在2020年已经停止更新&#xff0c;该包依赖PBDB v1 API。 可以选择在Index of /src/contrib/Archive/paleobioDB (r-project.org)下载安装包后&#xff0c;执行本地安装。 Usage pbdb_subtaxa (data, do.plot, col) Arguments…

Linux网络通信

网络模型 七层模型 四层模型 TCP : 面向连接&#xff0c;可靠的&#xff0c;面向字节流&#xff0c;支持点对点通信。 UDP : 无连接&#xff0c;不可靠&#xff0c;面向数据报文&#xff0c;支持一对一&#xff0c;一对多&#xff0c;多对多。通信原理 常用函数 #include <…

蓝莓产量预测(R语言版)

数据描述 字段名 描述 字段名 描述 id 蓝莓唯一标识 MinOfUpperTRange 花期内最高温带日平均气温的最低记录, Clonesize 蓝莓克隆平均大小 AverageOfUpperTRange 花期内最高温带日平均气温, Honeybee 蜜蜂密度 MaxOfLowerTRange 花期内最低温带日平均气温的最…

CMake tasks.json launch.json

hehedalinux:~/Linux/cmake/cmakeClass$ tree . ├── CMakeLists.txt ├── include │ ├── Gun.h │ └── Soldier.h ├── main.cpp └── src├── Gun.cpp└── Soldier.cpp2 directories, 6 files hehedalinux:~/Linux/cmake/cmakeClass$ launch.json&am…

江科大STM32 下

目录 ADC数模转换器DMA直接存储器存取USART串口9-2 串口发送接受9-3 串口收发HEX数据包 I2C(mpu6050陀螺仪和加速度计)SPI协议10.1 SPI简介W25Q64简介10.3 SPI软件读写W25Q6410.4 SPI硬件读写W25Q64 BKP、RTC11.0 Unix时间戳11.1 读写备份寄存器BKP11.2 RTC实时时钟 十二、PWR1…

CSS 之 跑马灯边框

一、简介 ​ 之前有做过渐变色边框的样式&#xff0c;然后某天刷抖&#x1f3b5;&#xff0c;看到某个老师在讲跑马灯的样式效果&#xff0c;于是就自己尝试实现一下跑马灯样式的边框&#xff0c;虽然这种样式并不常见&#xff08;基本没卵用&#xff09;&#xff0c;其使用场…

牛客-寻找第K大、LeetCode215. 数组中的第K个最大元素【中等】

文章目录 前言牛客-寻找第K大、LeetCode215. 数组中的第K个最大元素【中等】题目及类型思路思路1&#xff1a;大顶堆思路2&#xff1a;快排二分随机基准点 前言 博主所有博客文件目录索引&#xff1a;博客目录索引(持续更新) 牛客-寻找第K大、LeetCode215. 数组中的第K个最大元…

云计算概述(发展过程、定义、发展阶段、云计算榜单)(一)

云计算概述&#xff08;一&#xff09; &#xff08;发展过程、定义、发展阶段、云计算榜单&#xff09; 本文目录&#xff1a; 零、00时光宝盒 一、前言 二、云计算的发展过程 三、云计算的定义 四、云计算发展阶段 五、云计算公司榜单看云计算兴衰 六、参考资料 零、0…

小程序中滚动字幕

需求&#xff1a;在录像时需要在屏幕上提示字幕&#xff0c;整体匀速向上滚动 html部分&#xff1a; <view class"subtitles_main"><view style"font-size:34rpx;color: #fff;line-height: 60rpx;" animation"{{animation}}">人生的…

Linux工具-搭建文件服务器

当我们使用linux系统作为开发环境时&#xff0c;经常需要在Linux系统之间、Linux和Windows之间传输文件。 对少量文件进行传输时&#xff0c;可以使用scp工具在两台主机之间实现文件传输&#xff1a; rootubuntu:~$ ssh --help unknown option -- - usage: ssh [-46AaCfGgKkMN…

五种嵌入式经典通信总线协议

一.先前知识 1.并行与串行 并行通信和串行通信是两种不同的数据传输方式&#xff1a; 并行通信&#xff1a;并行通信是指在同一时间使用多条并行传输的线路传输多个比特的数据。每个比特使用独立的线路进行传输&#xff0c;同时进行。这样可以在一个时钟周期内传输多个比特&…

nova组件讲解和glance对接swift

1、openstack架构 &#xff08;1&#xff09;openstack是一种SOA架构&#xff08;微服务就是从这种架构中剥离出来的&#xff09; &#xff08;2&#xff09;这种SOA架构&#xff0c;就是把每个服务独立成一个组件&#xff0c;每个组件通过定义好的api接口进行互通 &#xff…

复合机器人作为一种新型的智能制造装备高效、精准和灵活的生产方式

随着汽车制造业的快速发展&#xff0c;对于高效、精准和灵活的生产方式需求日益增强。复合机器人作为一种新型的智能制造装备&#xff0c;以其独特的优势在汽车制造中发挥着越来越重要的作用。因此&#xff0c;富唯智能顺应时代的发展趋势&#xff0c;研发出了ICR系列的复合机器…

京东年度数据报告-2023全年度笔记本十大热门品牌销量(销额)榜单

2023年度&#xff0c;在电脑办公市场整体销售下滑的环境下&#xff0c;笔记本市场的整体销售也不景气。 根据鲸参谋平台的数据显示&#xff0c;京东平台上笔记本的年度销量为650万&#xff0c;同比下滑约16%&#xff1b;销售额约为330亿&#xff0c;同比下滑约19%。同时&#…

CF1178F2 Long Colorful Strip 题解 搜索

Long Colorful Strip 传送门 题面翻译 题目描述 这是 F 题的第二个子任务。F1 和 F2 的区别仅在对于 m m m 和时间的限制上 有 n 1 n1 n1 种颜色标号从 0 0 0 到 n n n&#xff0c;我们有一条全部染成颜色 0 0 0 的长为 m m m 的纸带。 Alice 拿着刷子通过以下的过…