2024年3月，凌恩生物助力客户发表文章63篇，累计影响因子314.8分，其中包括Science of the Total Environment、Journal of Hazardous Materials、Carbohydrate Polymers、Genome Biology、Chemical Engineering Journal、Bioresource Technology等期刊文章。此次收录的文章涵盖多个研究方向，其中多组学研究7篇，微生物方向22篇，基因组方向35篇，转录组方向14篇，表观方向1篇，代谢组方向4篇，基因组方面10篇。

接下来小编挑选了一些高分文章，让我们一起回顾一下吧~

01、早期瘤胃微生物组衍生的吲哚- 3 -甲醛和前列腺素D2是瘤胃发育的有效促进剂

题目：Early-life ruminal microbiome-derived indole-3-carboxaldehyde and prostaglandin D2 are efective promoters of rumen development

发表期刊：Genome Biology

影响因子：17.906

作者单位：南京农业大学

涉及的凌恩生物服务产品：宏基因组+真核有参转录组

主要研究内容：      瘤胃微生物系统是研究复杂营养-微生物组-宿主相互作用的模型。本研究对新生羔羊采用不同的饮食方式，以研究营养物质和微生物组之间的互作对瘤胃发育的影响。结果表明，淀粉玉米-大豆发酵剂喂养的羔羊瘤胃上皮最厚，富含纤维的苜蓿干草喂养的羔羊的瘤胃肌肉最厚。代谢组和宏基因组数据显示，瘤胃代谢产物吲哚-3-甲醛（3-IAld）和前列腺素D2（PGD2）与瘤胃上皮和肌肉发育最为相关，增强了瘤胃微生物的合成潜力。此外，微生物培养实验首次证明假长双歧杆菌（Bifidobacterium pseudolongum）能够将色氨酸转化为3-IAld，白假丝酵母（Candida albicans）是PGD2的关键生产者。瘤胃上皮和平滑肌的转录组测序显示，瘤胃上皮和肌肉的发育伴随着Wnt和Ca2+信号通路的激活。本研究揭示了羔羊生命早期瘤胃微生物组衍生的3-IAld和PGD2是瘤胃发育的有效促进剂，增强了我们对生命早期营养-微生物组-宿主相互作用的理解。

02、污泥稳定产物对重金属污染尾矿土壤的修复作用：理化、生化和微生物机理

题目：Contaminated mine tailings: Physicochemical, biochemical and microbial mechanisms

发表期刊：Chemical Engineering Journal

影响因子：15.1

作者单位：同济大学

涉及的凌恩生物服务产品：二代扩增子（细菌+真菌+古菌）

主要研究内容：

       本研究利用湖泊污泥和沉积物分析马鞍山南山铁矿污染尾矿的理化、生化和微生物（细菌、古菌和真菌群落）特征。采用不同添加率（30 %、50 %、80 %）进行堆肥对重金属污染的矿尾矿土进行修复。系统地研究了第0天和第180天的理化、生化和微生物特性。不同比例添加的堆肥都能显著降低矿山尾矿土壤整体重量和水相萃取的铜、铅、As、Cd、汞、Cr、锌和镍。此外，与修复过程中不敏感的真菌群落不同，50 %堆肥修正后的最高孔隙率和DHA活性有利于改善古菌多样性，而且显著降低了Cd流动性。总之，本研究强调了堆肥在减轻矿山尾矿土壤中重金属污染方面的有效作用，并进一步阐明了固定化、pH调节和微生物效应等多种机制。

03、溶藻活性与放线菌脱氮同步：溶藻机制、藻类细胞的应激反应、反硝化性能和原生细菌群落共存

题目：Algicidal activity synchronized with nitrogen removal by actinomycetes: Algicidal mechanism, stress response of algal cells, denitrification performance, and indigenous bacterial community co-occurrence

发表期刊：Journal of Hazardous Materials

影响因子：13.6

作者单位：西安建筑科技大学

涉及的凌恩生物服务产品：二代扩增子

主要研究内容：

      藻华（HABs）会破坏水生生态系统的生态平衡，威胁到人类的健康。溶藻菌对藻类的生物降解是一种环保、经济的防治方法。本研究利用反硝化放线菌Streptomyces sp. LJH-12-1（L1）来控制HABs。该菌对蓝藻、铜绿微囊藻假单胞菌（Microcystis aeruginosa）有很大的溶藻作用。通过二代扩增子分析发现溶藻过程中，氮循环功能基因的相对丰度显著增加。L1在正常水体中的杀藻效率为76.70%，去除硝酸盐的效率为81.4%。本研究为应用具有反硝化特性和杀藻活性的菌株处理微污染水体提供了一条新的途径。

04、从自然生境中分离出的一种新型Streptomyces sp. FZ201的全基因组及其对邻苯二甲酸酯的生物降解

题目：Biodegradation of phthalate acid esters and whole-genome analysis of a novel Streptomyces sp. FZ201 isolated from natural habitats

发表期刊：Journal of Hazardous Materials

影响因子：13.6

作者单位：中南大学

涉及的凌恩生物服务产品：细菌完成图

主要研究内容：

      邻苯二甲酸二正丁酯（DBP）是目前应用最广泛的邻苯二甲酸酯（PAEs）之一，被认为是一种新兴的、与全球相关的污染物。本文探讨了从自然生境中分离出来的Streptomyces sp. FZ201菌属降解PAE的机制。研究发现，FZ201有效地降解了各种PAEs。FZ201对DBP具有较强的弹性，并表现出立即降解。DBP的全面生物降解包括去酯化、β-氧化、酯交换和芳香环裂解。FZ201含有许多可能促进PAE生物降解的分解代谢基因。通过基因组注释重建了DBP的代谢途径。链霉菌物种在进化过程中具有大量的基因组扩展事件，使链霉菌属内具有广泛的遗传多样性和高度可塑性的基因组。

05、以玉米秸秆为载体的固定化微生物群落对多环芳烃污染土壤的修复潜力

题目：Remediation potential of an immobilized microbial consortium with corn straw as a carrier in polycyclic aromatic hydrocarbons contaminated soil

发表期刊：Journal of Hazardous Materials

影响因子：13.6

作者单位：南京农业大学

涉及的凌恩生物服务产品：二代扩增子+功能基因

主要研究内容：

      多环芳烃（PAHs）在土壤中广泛存在，严重威胁着人类健康。固定化微生物（IM）技术是一种修复多环芳烃污染土壤的有效的、环境无害的方法。本研究旨分析在玉米秸秆上的IM对多环芳烃浓度的影响，并探讨了IM在多环芳烃污染土壤中的潜在修复机制。结果表明，20d后施用IM后土壤中总多环芳烃的去除率为88.25%，比对照处理高39.25%，说明IM更容易降解土壤中多环芳烃。扩增子测序分析发现，添加IM改变了细菌群落结构和细菌网络关系，增强细菌之间的合作。综上所述，本研究利用作物秸秆作为载体材料，可以有效修复多环芳烃污染土壤。

06、从猪粪堆肥分离的抗重金属菌株Pseudomonas monteilii对镉和锌的生物吸附能力

题目：Bio-sorption capacity of cadmium and zinc by Pseudomonas monteilii with heavy-metal resistance isolated from the compost of pig manure

发表期刊：Bioresource Technology

影响因子：11.4

作者单位：西北农林科技大学

涉及的凌恩生物服务产品：非靶向代谢组

主要研究内容：

     本文利用非靶向代谢组技术研究了从猪粪中分离的蒙氏假单胞菌X1对镉和锌的耐受性及其生物吸附能力。Cd和Zn对该菌株的最低抑菌浓度（MIC）分别为550 mg/L和800 mg/L。非靶向代谢组学分析显示，有机酸及其衍生物、脂类和类脂分子以及有机杂环化合物为主要代谢物。在Cd2+胁迫下，乙醛酸和二羧酸代谢途径显著富集。吸附动力学实验表明，该菌株对Cd2+的吸附能力为9.96 mg/g，对Zn2+的吸附能力为23.4 mg/g。研究发现，细胞表面的活性基团，如羟基、羧基、氨基等活性基团，都参与了金属的吸附。该菌株能够将Zn2+转化为Zn3(PO4)2⋅4H2O晶体。总之，本研究提示蒙氏假单胞菌具有作为重金属修复材料的潜力。

07、在分散式污水处理过程中，不同光照位置控制厌氧动态膜过滤(AnDM)中藻类产生的机理

题目：Mechanistic insights into different illumination positions control algae production in anaerobic dynamic membrane filtration (AnDM) during decentralized wastewater treatment

发表期刊：Bioresource Technology

影响因子：11.4

作者单位：东北农业大学

涉及的凌恩生物服务产品：二代扩增子（16S+18S）

主要研究内容：

      太阳光照明具有控制动态膜（DM）系统的稳定性和可持续性的潜力。本研究在不同光照位置（直接、间接、无光照）条件下，对废水进行处理。结果表明， 上流式厌氧污泥床（UASB）的化学需氧量（COD）去除率达到87.05 %，平均甲烷产量为0.28 L/d。经UASB处理后，发现在光照条件下，DM对有机物的去除由于藻类的增殖而表现出较差的性能。然而，DM体系显示出了有效的氨氮去除率，稳定后的氨氮去除率范围从96.21 %到97.67 %。总除磷率为45.72 %，直接照射时膜通量保持稳定。相反，间接照明的DM系统表现出不稳定的膜通量和严重的污垢能力。这些发现为在厌氧条件下优化DM系统的照明位置提供了有价值的见解。

08、水稻转录和宏基因组组揭示壳聚糖增强对稻瘟病的抗性

题目：Bio-formulated chitosan nanoparticles enhance disease resistance against rice blast by physiomorphic, transcriptional, and microbiome modulation of rice (Oryza sativa L.)

发表期刊：Carbohydrate Polymers

影响因子：11.2

作者单位：浙江大学生物技术研究所

涉及的凌恩生物服务产品：宏基因组+真核有参转录组

主要研究内容：

      本研究旨在探讨生物配方M-CsNPs作为作物保护策略的可行性。M-CsNPs合成提供了一种创新、经济、环保的作物保护策略。研究结果表明，叶面应用M-CsNPs通过多种机制显著降低RB(稻瘟病)感染，包括调节营养摄取、调节细胞生理和在转录水平上防御相关基因的上调。此外，超微结构分析表明，M-CsNPs通过抑制Magnaporthe oryzae的发育来缓解RB诱导的胁迫。同时，M-CsNPs对疾病应答的影响可通过上调稻瘟病菌感染水稻植株的致病相关基因来证实。宏基因组测序分析表明，经M-CsNPs处理的水稻植株中稻瘟病菌病原菌的相对丰度显著降低。重要的是，叶圈和根际微生物群落中的有益类群仍然完好无损。总之，这项工作提出了一个由M-CsNPs介导的在细胞和分子水平上的NPs-植物-病原体相互作用的机制范例。

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3月客户文章

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