【孟德尔随机化】Leave-one-out analysis的异常点,判断

下面Leave-one-out analysis的结果,第一条线代表去掉rs174564的结果,一些文献把这种情况判断为异常点/离群点,我们接下来看看其他结果

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散点图的结果,最旁边的就是rs174564,这个SNP的点

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在看下RadialMR的结果,很明显知道最旁边的那个点代表的SNP

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???所以这个SNP要去掉吗? 我们分析的暴露指标是脂肪酸的,例如Omega 3 / PUFA / DHA /EPA 这种,随便查下百度,可以知道这个SNP在,这些脂肪酸代谢酶上面,所以我们是不去除的。

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来看看单个SNP的结果,官方的这个函数

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可以看到我们的rs174564,SNP结果在中间,最短的那条线,可以可以看到误差结果很小的。

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结论,这个SNP与暴露相关,不去除,一些文章写到根据Leave-one-out analysis去除异常点,其实做法可能是错的…

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