1、将分支先commit，然后再update，然后再clean一下，将项目多余的target都清理掉。

2、将branches切换到trunk

3、工程上右键-》Team-》合并（或Merge）

4、默认选项，点击Next

5、有未提交的改动，要么update一下，要么revert一下

6、直到这样

7、选择需要被合并的分支

8、点击下一步,弹出这个对话框是问你要怎么处理冲突,选择第一个: Mark as conflicted, I will deal it later, 
意思就是, 标记冲突,稍后再解决. 然后点击OK, 如果有多个冲突, 这个对话框会弹出多次,同样操作即可. 
也可以勾选下边的, Apply to all text conflict(应用到所有冲突), 这样会弹一次. 

9、到这一步就大功告成! 有冲突就解决冲突, 解决完冲突再提交. 没冲突就合并完毕。