R语言生物群落(生态)数据统计分析与绘图丨tidyverse数据清洗、多元统计分析、随机森林、回归及混合效应模型、结构方程模型等

R 语言的开源、自由、免费等特点使其广泛应用于生物群落数据统计分析。生物群落数据多样而复杂,涉及众多统计分析方法。内容以生物群落数据分析中的最常用的统计方法回归和混合效应模型、多元统计分析技术及结构方程等数量分析方法为主线,通过多个来自经典研究中的实例,详细讲述各方法的R语言实现途径。主要特点为聚焦生态学研究领域,从R语言基础操作和作图、数据准备整理,到各种数量分析方法的应用情景分析,实现从数据整理到分析结果展示的完整科学研究数据分析过程,将《R语言基础》、《tidyverse数据清洗》、《多元统计分析》、《随机森林模型》、《回归及混合效应模型》、《结构方程模型》及《统计结果作图》进行了组合(7合1)。

本教程不仅适合R语言和生物群落(生态)数据统计分析的初学者,同样适合有高阶应用需求的研究生和科研人员。通过大量实例讲解,使大家能应对科研工作中复杂数据局面,选择合适模型,提高数据分析能力。

第一单元 R基础及数据准备

专题一 R和Rstudio简介及入门和作图基础

①R及Rstudio介绍:背景、软件及程序包安装、基本设置等
②R语言基本操作,包括向量、矩阵、数据框及数据列表等生成和数据提取等
③R语言数据文件读取、整理及存储等
④R语言基础绘图(含ggplot):基本绘图、排版、发表质量绘图输出存储

专题二 R语言数据清洗-tidyverse包应用

①tidyvese简介:tidyr、dplyr、readr、%>%等
②文件操作:不同格式文件读取、多文件同时读取等
③数据筛选:行筛选、列筛选、条件筛选(字符操作)等
④数据生成:数据合并、数据拆分、新数据生成(字符操作)等
⑤长宽数据转换、空值(NA)等填充及删除、分组、排序及汇总等

专题三 群落数据准备及探索分析

①生物群落数据准备:物种组成、环境变量、物种功能属性、系统发育树等
②生物群落数据检查:缺失值和离群值(outliers)等-避免模型错进错出(GIGO)
③物种多样性计算:物种多样性(TD)、功能多样性(FD)和系统发育多样性(PD)
④物种相似/相异矩阵关联测度介绍

第二单元 多元统计分析

专题四 群落数据非约束排序-PCA、CA、PCoA、NMDS

①生物群落数据非约束排序分析简介
②案例1鱼类生境数据排序:PCA
③案例2鸟类物种组成数据的排序:CA、PCoA和NMDS比较

专题五 群落数据约束排序-RDA、dbRDA、CCA、4th Corner

①生物群落数据约束排序简介:非对称约束排序VS对称约束排序
②案例1景观、斑块及生境因子蛾类群落分布的解释:RDA、dbRDA或CCA选择+变差分解
③案例2物种有无(0,1)数据约束排序:dbRDA
④案例3物种组成、物种属性及环境因子的相关分析-第四角分析(4th Corner)

专题六 群落数据分组分析: 等级/非等级聚类(HC/NHC)、PERMANOVA等

①生物群落数据的聚类及差异分析概述
②案例1鸟类生境数据的等级和非等级聚类:KMEANS和HCLUST
③案例2乌龟适宜生境差异检验(2组比较)及解释:PERMANOVA、MRPP、ANOSIM及Dispersion test
④案例3环境梯度下微生物组成差异分析(多组比较)及解释:MRPP及Dispersion Test
⑤案例4 药物对肠道微生物群落影响:PCoA+PERMANOVA

第三单元 机器学习

专题七 群落数据随机森林(Random Forest)模型-分类VS回归

①随机森林(Random Forest)模型简介
②随机森林模型分析基本流程-分类VS回归
③案例1 随机森林分类及重要变量选择:RFM-classification
④案例2 随机森林回归模型及变量重要性评估:RFM-regression
⑤案例3 物种多维形态属性与生态属性的关联关系:PCA+PCoA+LDA+RFM综合案例

第四单元 回归及混合效应模型

专题八 一般线性模型(lm)

①基本形式、基本假设、估计方法、参数检验、模型检验
②案例1不同鱼类游速的回归、方差及协方差分析
③案例2决定海洋植食性鱼类多样性的决定因子-模型验证
④案例3淡水鱼丰度的环境因子的筛选-逐步回归(model selection)

专题九 广义线性模型(glm)

①广义线性混合效应模型基本原理、建模步骤及流程
②案例1有无(0,1)数据的逻辑斯蒂模型-二项分布
③案例2海豹年龄与攻击行为的关系-0,1数据转化为比率数据分析
④案例3 物种多度分布环境解释-计数数据泊松、负二项、零膨胀、零截断模型

专题十 线性混合效应模型(lmm)

①混合效应的基本原理及分析基本流程、步骤及实现
②案例1分层数据物种多样性决定因素-模型构建流程、模型预测及诊断
③案例2:多因素实验(分层数据)的多重比较

专题十一 广义线性混合效应模型(glmm)

①广义线性混合效应模型基本原理、建模步骤及流程
②案例1蝌蚪“变态”与否(0,1)的多因素分析-逻辑斯蒂混合效应模型
③案例2虫食种子多度影响因素的多变量分析-泊松混合效应模型 
④广义线性混合效应模型分析计数数据及模型选择:泊松、伪泊松、负二项、零膨胀泊松、零膨胀负二项、零截断泊松及零截断负二项模型

专题十二 空间、时间及系统发育相关回归-数据自相关(autocorrelation)分析

①数据自相关问题简介:时间、空间和系统发育相关介绍
②案例1森林植物多样性分布格局的空间自相关修正
③案例2不同年份鸟类多度的时间自相关修正
④案例3系统发育相关在虾类多度分布分析中作用

第五单元 结构方程模型

专题十三 结构方程模型(SEM):lavaan和piecewiseSEM-多变量直接和间接效应及因果关系

①结构方程模型简介:定义、历史、应用、估计方法、模型可识别规则及样本量要求等
②案例1群落物种丰富度恢复的直接及间接效应(direct and indirect effects):SEM分析基本流程-lavaan vs piecwiseSEM
③案例2环境异质性和资源可获得性对不同演替阶段林下维管植物多样性的影响:模型调整、比较、评估及结果展示
④案例3人类活动、环境条件、物种属性对动物领域大小相对贡献(relative roles):混合模型、嵌套结构、分组分析及分类变量SEM实现

第六单元 统计结果作图

专题十四 群落数据及统计分析结果作图(ggplot)、排版及发表质量图输出

①群落数据及统计分析结果作图数据准备:结果提取与作图数据整理
②聚类分析及分组差异检验图:聚类结果图、热图(heatmap)、分组差异检验结果图
③PCA、CA、PCoA及NMDS等非约束排序图:排序图和双序图(biplot)
④RDA、db-RDA及CCA等约束排序图:三序图(triplot)和韦恩图(venn)
⑤回归和混合效应模型分析结果图:散点图、箱线图、柱状图及提琴图等
⑥结构方程模型结果图表达方式

注:请提前安装所需软件


★ 点 击 下 方 关 注,获取海量教程和资源!

↓↓↓

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.rhkb.cn/news/465611.html

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系长河编程网进行投诉反馈email:809451989@qq.com,一经查实,立即删除!

相关文章

极简实现酷炫动效:Flutter隐式动画指南第二篇之一些酷炫的隐式动画效果

目录 前言 1.弹性放大按钮效果 2.旋转和缩放组合动画 3.颜色渐变背景动画 4.缩放进出效果 前言 在上一篇文章中,我们介绍了Flutter中的隐式动画的一些相关知识,在这篇文章中,我们可以结合多个隐式动画 Widget 在 Flutter 中创建一些酷炫的视觉效果&…

数字马力二面面试总结

24.03.07数字马力二面面试总结 前段时间找工作,做的一些面试笔记总结 大家有面试录音或者记录的也可以发给我,我来整理答案呀 数字马力二面面试总结 24.03.07数字马力二面面试总结你可以挑一个你的最有挑战性的,有难度的,最具有复杂性的项目,可以简单说一下。有没有和算…

C语言例题练手(1)

前几篇博客的内容已经涉及了C语言的部分语法知识,我们可以尝试做一些编程题,或者换一种说法就是可以写出什么样的程序以此来解决一些问题。 题目来自牛客网https://www.nowcoder.com和C语言菜鸟教程C 语言教程 | 菜鸟教程 数值计算 【例1】带余除法计…

大模型LLama3!!!Ollama下载、部署和应用(保姆级详细教程)

首先呢,大家在网站先下载ollama软件 这就和anaconda和python是一样的 废话不多说 直接上链接:Download Ollama on Windows 三个系统都支持 注意: 这里的Models,就是在上面,大家点开之后,里面有很多模型…

【359】基于springboot的智慧草莓基地管理系统

摘 要 现代经济快节奏发展以及不断完善升级的信息化技术,让传统数据信息的管理升级为软件存储,归纳,集中处理数据信息的管理方式。本智慧草莓基地管理系统就是在这样的大环境下诞生,其可以帮助管理者在短时间内处理完毕庞大的数据…

MongoDB笔记03-MongoDB索引

文章目录 一、前言1.1 概述1.2 MongoDB索引使用B-Tree还是BTree?1.3 B 树和 B 树的对比1.4 总结 二、索引的类型2.1 单字段索引2.2 复合索引2.3 其他索引 三、索引的管理操作3.1 索引的查看3.2 索引的创建3.2.1 单字段索引3.2.2 复合索引 3.3 索引的移除3.3.1 指定索…

string模拟实现流插入(输出)+流提取(输入)

个人主页:Jason_from_China-CSDN博客 所属栏目:C系统性学习_Jason_from_China的博客-CSDN博客 所属栏目:C知识点的补充_Jason_from_China的博客-CSDN博客 string模拟实现clear 模拟实现clear的目的是在流提取的时候我们清空之前的数据&#x…

C++入门基础知识134—【关于C 库函数 - gmtime()】

成长路上不孤单😊😊😊😊😊😊 【14后😊///C爱好者😊///持续分享所学😊///如有需要欢迎收藏转发///😊】 今日分享关于C 库函数 - gmtime()的相关内容&#xf…

ERP学习笔记-预处理eeglab

第一步:数据格式转化 import data:读取收集到的原始数据文件.vhdr格式 读取后的样子: 将数据保存为.set文件 第二步:通道定位 读取.set文件 Channel locations部分为unknown,表明通道的坐标未知 增加默认的设置 Chan…

查缺补漏----用户上网过程(HTTP,DNS与ARP)

(1)HTTP 来自湖科大计算机网络微课堂: ① HTTP/1.0采用非持续连接方式。在该方式下,每次浏览器要请求一个文件都要与服务器建立TCP连接当收到响应后就立即关闭连接。 每请求一个文档就要有两倍的RTT的开销。若一个网页上有很多引…

谷歌推出全新AI生成游戏玩法 —— 无限生成角色生活模拟游戏“Unbounded”

随着人工智能技术的飞速发展,游戏行业正迎来前所未有的创新。近日,谷歌宣布了一款名为“Unbounded”的新型游戏,这是一款基于生成式AI技术的角色生命模拟游戏,它将为玩家带来前所未有的开放性和互动性体验。 项目概览 项目名称:Unbounded类型:生成式无限游戏(Generati…

论文阅读:DynamicDet: A Unified Dynamic Architecture for Object Detection

论文地址:[2304.05552] DynamicDet: A Unified Dynamic Architecture for Object Detection 代码地址:GitHub - VDIGPKU/DynamicDet: [CVPR 2023] DynamicDet: A Unified Dynamic Architecture for Object Detection 概要 本文提出了一种名为 DynamicD…

关于在GitLab的CI/CD中用docker buildx本地化多架构打包dotnet应用的问题

关于在GitLab的CI/CD中用docker buildx本地化多架构打包dotnet应用的问题 这是一个DevOps综合性问题docker buildx多架构打包.NET应用的问题用QEMU模拟多架构环境打包 这是一个DevOps综合性问题 网络上的方案都是细分的领域,未见一个集成了GitLabdockerdotnet的多架…

翻译工具开发技术笔记:《老挝语翻译通》app支持语音识别翻译功能,怎么提高语音识别的准确度呢?

《老挝语翻译通》app是一款专为老挝语翻译设计的免费工具,支持文本翻译、老挝文OCR文字识别提取、文字转语音。这款工具以其技术优势和用户友好的界面,为用户提供了便捷的老挝语翻译体验。 技术特点 文本翻译:支持双语输入,提供精…

qt QListView详解

1、概述 QListView 是 Qt 框架中的一个视图类,用于展示模型中的数据。它基于 QAbstractItemView,支持多种视图模式,如列表视图(List View)、图标视图(Icon View)等。QListView 是模型/视图框架…

初识C++(上) -- C++的关键字、命名空间、缺省参数以及函数的重载

目录 一、C的关键字(C98) 二、命名空间 1、命名冲突 2、命名空间 2.1 命名空间的定义 (1). 命名空间定义的例子以及命名空间的嵌套: (2). 同一个工程中允许存在多个相同名称的命名空间,编译器最后会合成同一个命名空间中: 2…

MySQL_客户端工具建库.

前言: 通过前面的学习我们已经了解到什么是数据库,以及数据库是如何安装的,相信大家都已将数据库安装好了,让我们接下来开始新的学习吧!!! 1.MySQL客户端工具 1. MySQL Workbench MySQL :: D…

突破1200°C高温性能极限!北京科技大学用机器学习合成24种耐火高熵合金,室温延展性极佳

在工程应用中,如燃气轮机、核反应堆和航空推进系统,对具备优异高温机械性能的金属合金需求十分旺盛。由于材料熔点的固有限制,传统镍基 (Ni) 高温合金的耐温能力已接近极限。为满足开发高温结构材料的需求,耐火高熵合金 (RHEAs) 于…

leetcode21:合并两个有序列表

将两个升序链表合并为一个新的 升序 链表并返回。新链表是通过拼接给定的两个链表的所有节点组成的。 示例 1: 输入:l1 [1,2,4], l2 [1,3,4] 输出:[1,1,2,3,4,4]示例 2: 输入:l1 [], l2 [] 输出:[]示…

开源模型应用落地-glm模型小试-glm-4-9b-chat-vLLM集成(四)

一、前言 GLM-4是智谱AI团队于2024年1月16日发布的基座大模型,旨在自动理解和规划用户的复杂指令,并能调用网页浏览器。其功能包括数据分析、图表创建、PPT生成等,支持128K的上下文窗口,使其在长文本处理和精度召回方面表现优异&a…