R环境配置以及Debug方法（VSCode， conda，远程R）

生物信息学中的R环境配置以及Debug方法

开始设置
- 1、建议使用VSCode + conda + 远程R
- 2、 VSCode配置
- - - 安装插件
    - 安装好插件后，远程设置
    - 链接成功后，设置项目
- 3、 linux conda 和远程R配置
- 4、VScode 远程访问R环境
- - - 下面配置远程R
5、开始Debug
- - - 新建个R文件（注意，这已经是链接到远程服务器了）
    - 先测试能否逐行运行
    - 开始debug R
    - R debug的命令（必须看）
在配置过程中遇到的问题

开始设置

1、建议使用VSCode + conda + 远程R

2、 VSCode配置

安装插件

Remote-SSH
R
R Debugger

在这里插入图片描述

安装好插件后，远程设置

在这里插入图片描述

链接成功后，设置项目

在这里插入图片描述
然后点击OK, 就可以了

3、 linux conda 和远程R配置

确保有conda
安装R：

# 首先添加必要的 channels
conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge#更新conda
conda update conda# 然后创建环境
conda create -n r_bioinfo -c conda-forge r-base=4.3# 激活环境
conda activate r_bioinfo

缺少依赖，则安装（必要项）：

conda install -c conda-forge gcc
conda install -c conda-forge gxx
conda install -c conda-forge gfortran
conda install -c conda-forge make
conda install -c conda-forge zlib
conda install -c conda-forge libxml2
conda install -c conda-forge libcurl
conda install -c conda-forge openssl
conda install -c conda-forge hdf5
conda install -c conda-forge pcre2
conda install -c conda-forge freetype
conda install -c conda-forge libpng
conda install -c conda-forge libtiff
conda install -c conda-forge jpeg
conda install -c conda-forge zlib
conda install -c conda-forge libxml2
conda install -c conda-forge curl
conda install -c conda-forge openssl
conda install -c conda-forge r-biocmanager

安装远程需要的包：

# 安装基础包
conda install -c conda-forge r-jsonlite
conda install -c conda-forge r-rlang# 安装调试器相关包
conda install -c conda-forge r-devtools

# 安装r远程调试包
library(devtools)
install_github("ManuelHentschel/vscDebugger")# 测试
library(vscDebugger)# 其它包(可选）
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.18")
BiocManager::install(c("rhdf5", "SingleCellExperiment", "DESeq2"))

4、VScode 远程访问R环境

需要进行完成第2步，就是可以远程访问文件了

下面配置远程R

# 首先找到conda 安装的R的位置conda info --envs

然后在vscode里编辑settings.json：

# ctrl+shift+P 打开控制行
>Preferences: Open User Settings (JSON)

添加：

{# 这里可能会有其它配置# 不要删除// 添加 R 相关配置"r.rpath.linux": "/home/xxx/anaconda3/envs/r_bioinfo/bin/R", # xxx 换成你的R目录"r.lsp.debug": true,"r.debugger.timeouts": {"startup": 8000},"r.libPaths": ["/home/xxx/anaconda3/envs/r_bioinfo/lib/R/library"  # xxx 换成你的R目录],"r.alwaysUseActiveTerminal": true,"r.sessionWatcher": true,"r.bracketedPaste": true,"r.terminalPath": "/home/xxx/anaconda3/envs/r_bioinfo/bin/R",  # xxx 换成你的R目录"r.workspaceViewer.watch": true,"r.plot.useHttpgd": true
}

编辑Launch.json

# ctrl+shift+P 打开控制行
>Open Launch.json

    "version": "0.2.0","configurations": [### 其它已存在的配置{"type": "R-Debugger","name": "Debug R-File","request": "launch","debugMode": "file","workingDirectory": "${workspaceFolder}","file": "${file}","rpath": "/home/liuyinbo/anaconda3/envs/r_bioinfo/bin/R","env": {"R_LIBS_USER": "/home/liuyinbo/anaconda3/envs/r_bioinfo/lib/R/library"}},]
}

5、开始Debug

新建个R文件（注意，这已经是链接到远程服务器了）

在这里插入图片描述

先测试能否逐行运行

激活环境
在这里插入图片描述

逐行运行
在这里插入图片描述

如果以上都成功了，再进行下一步。

开始debug R

!](https://i-blog.csdnimg.cn/direct/7dc71022b73a4292bfd3484b5fa1dde6.png)

R debug的命令（必须看）

由于vscode没有按钮形式，所以只能用快捷键

F5          : 开始调试/继续执行
Shift + F5  : 停止调试
Ctrl + F5   : 运行（不调试）
F
10         : 单步跳过（Step Over）- 不进入函数内部
F11         : 单步进入（Step Into）- 进入函数内部
Shift + F11 : 单步跳出（Step Out）- 从当前函数返回F9          : 切换断点
Ctrl + F9   : 启用/禁用断点
Ctrl + Shift + F9 : 删除所有断点Ctrl + Shift + D : 打开调试视图
Ctrl + Shift + Y : 打开调试控制台鼠标悬停在变量上    : 查看变量值
在 Watch 窗口添加   : 持续监视变量Ctrl + Shift + P : 打开命令面板（可搜索调试相关命令）
Ctrl + ` : 打开/关闭终端
Ctrl + K Ctrl + I : 显示悬停信息调试时的工作流程：
设置断点（F9）
开始调试（F5）
使用单步调试（F10/F11）
查看变量值
继续或停止调试