医学图像分析工具09.1：Brainstorm安装教程

1. 安装前准备

**官方安装包和数据：**https://neuroimage.usc.edu/bst/download.php
**官方安装教程：**https://neuroimage.usc.edu/brainstorm/Installation
Matlab 版本要求：
- 有 Matlab： R2009b (7.9) 或更高版本
- 没有 Matlab： Matlab Runtime R2023a (9.14)，可以从 MathWorks 网站免费下载

2. 下载 Brainstorm

访问下载页面：
注册并完成下载。若未收到确认邮件，请检查垃圾邮件。
选择下载包：
- 源代码包： brainstorm_yymmdd_src.zip（适用于 Matlab）
- 二进制包： brainstorm_yymmdd_bin.zip（无需 Matlab 许可）
- 源代码 + 二进制包： brainstorm_yymmdd.zip（包含源代码和二进制文件）
解压文件：
- Windows: 解压到 My Documents\brainstorm3
- Linux: 解压到 /usr/local/brainstorm3 或 ~/brainstorm3（如果没有管理员权限）
- MacOS: 解压到 Applications/brainstorm3
创建 Brainstorm 数据库：
- Windows: My Documents\brainstorm_db
- Linux: /home/username/brainstorm_db
- MacOS: Documents/brainstorm_db
注意： 切勿在 brainstorm3 文件夹内创建 brainstorm_db，否则更新时可能会删除该文件夹。

3. 安装步骤

3.1. 有 Matlab 的安装流程

启动 Matlab：
不需要手动添加 brainstorm3 文件夹到 Matlab 路径，系统会自动添加。
进入 Brainstorm 文件夹：
进入解压后的 brainstorm3 文件夹。
运行 Brainstorm：
- 在 Matlab 命令窗口中输入 brainstorm 并回车。
- 当系统提示选择 Brainstorm 数据库时，选择你创建的 brainstorm_db 文件夹。
完成设置：
按照 “入门教程” 完成设置并开始使用。

3.2. 没有 Matlab 的安装流程

下载 Matlab Runtime：
访问 MathWorks 网站下载适用于你的操作系统的 Matlab Runtime R2023a (9.14)。
安装 Matlab Runtime：
- Windows: 双击 .exe 文件并按照提示完成安装。
- MacOS: 解压 .zip 文件并运行 InstallForMacOSX。
- Linux: 在终端中解压 .zip 文件并运行 ./install。
运行 Brainstorm：
- 进入
```
brainstorm3/bin/R2023a/
```
  目录：
  - Windows: 双击 brainstorm3.bat。
  - MacOS: 双击 brainstorm3.command 并按照提示操作。
  - Linux:
    
    在终端中运行：
```
cd brainstorm3/bin/R2023a/
./brainstorm3.command
```
完成设置：
当系统提示选择 Brainstorm 数据库时，选择你创建的 brainstorm_db 文件夹。

4. 故障排除（可选）

4.1. 常见问题解决

MacOS：
- 若出现 “应用程序无法打开，因为它来自未认证的开发者” 错误，右键点击应用程序 > 选择打开，并点击打开确认。
- 更多 MacOS 支持信息可参考 MacOS BigSur 支持。
Linux：
- 某些用户可能会遇到界面问题，尝试更换操作系统的图形主题。
- 确保
```
brainstorm3.command
```
  文件具有可执行权限：
```
chmod a+x brainstorm3.command
```
Windows：
- 如果没有管理员权限，尝试右键点击 brainstorm3.bat 并选择 以管理员身份运行。
- 如果 Matlab 或 Runtime 安装路径不标准，手动编辑 brainstorm3.bat 文件，指定正确的路径。

5. 离线安装（可选）

如果没有互联网连接，可以在另一台计算机上下载必要的文件（例如 SPM 模板和插件），然后将它们复制到安装了 Brainstorm 的计算机。

下载并安装 SPM 模板和插件
将 SPM_TPM.zip 文件解压到 $HOME/.brainstorm/defaults/spm，并将解剖学模板文件复制到 $HOME/.brainstorm/defaults/anatomy。
插件安装： 将下载的插件解压到 Brainstorm 文件夹外的任何位置，然后在 Brainstorm 中通过 插件菜单 > 自定义安装 安装插件。

6. 代理配置（可选）

如果计算机通过代理连接互联网，Matlab 和 Brainstorm 可能无法自动检测到该代理。你可以手动配置 Matlab 使用代理。详细步骤请参考 Matlab 代理设置文档。

7. 源码目录结构

brainstorm3/
├── bin/
├── defaults/
├── deploy/
├── doc/
├── external/
├── java/
├── python/
├── toolbox/
├── github/workflows/
├── gitignore
├── CITATION.cff
├── CONTRIBUTING.md
├── LICENSE
├── README.md
└── brainstorm.m