DeepSeek写的lammps反应势断键动态显示程序

最近DeepSeek比较火,跟风试用了一下。
让DeepSeek写了一个lammps反应势模拟的断键动态显示代码。

假如你是一名lammps专家,现在用reaxff反应势模拟一个聚乙烯裂解的分子动力学模拟,模拟的轨迹文件为:dump.lammpstrj,反应产物信息文件为:bonds.reaxff,bonds.reaxff文件包含了模拟过程中原子之间的键链接信息,请编写一个python程序,实现的功能:从dump.lammpstrj
提取每一帧的原子坐标,从bonds.reaxff文件中提取原子之间的键链接信息,然后把每一帧中原子的键接信息保存到data文件。

DeepSeek思考过程:

好的,我现在需要帮用户解决一个问题,用户希望编写一个Python程序,从LAMMPS的轨迹文件dump.lammpstrj和键信息文件bonds.reaxff中提取数据,生成每帧的data文件。首先,我得理解这两个文件的格式以及如何将它们结合起来。

首先,dump.lammpstrj是LAMMPS的标准轨迹文件,每一帧包含原子的ID、坐标等信息。而bonds.reaxff可能记录了每个时间步的键信息,格式可能包括原子对。我需要确认bonds.reaxff的具体结构,比如是

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