学习笔记Day11：初探Linux

Linux系统初探

Linux系统简介

发行版本Ubuntu/centOS，逻辑一样，都可以用。

服务器

本质是一台远程电脑，大多数服务器是Linux系统，通常使用命令行远程访问而不是桌面操作。LInux服务器允许多用户同时访问。NGS组学测序数据上游处理需要服务器。

登录方法

ssh 用户名@IP地址（端口号）
接受主机密钥
输入密码

Exit退出服务器

逻辑：登陆代码由几部分组成：

ssh：ssh命令是用于在Linux系统中远程登录和执行命令的工具。它使用安全的加密协议来传输数据，并提供了对远程计算机进行管理、文件传输和执行远程命令的功能。
ssh <空格> 用户名@地址（端口）<回车>
输入密码

Linux连接终端设置[Termius]

左键复制、右键粘贴
代码框配色、字体大小
shortcuts：Disable（以linux快捷键为主

使代码彩色更易读的两行命令

echo  'export PS1="\[\033]2;\h:\u \w\007\033[33;1m\]\u \033[35;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\]\w\[\033[0m\]\n\[\e[32;1m\]$ \[\e[0m\]"' >> ~/.bashrc
source  ~/.bashrc

传输文件

SFTP：直接拖拽即可。

文件结构

在linux中，一切皆文件

一切文件的源头：根目录root
用户目录：家目录home
一些表示目录的特殊符号：.当前目录；..上一级目录；~家目录；/只有当/在路径最前面时才是根目录，其他位置都代表分隔符。

命令格式

命令+参数+文件

command [-options [parameter]] [file] #[]里面内容可没有

command：命令名
-options：选项，用来对命令进行控制，也可以省略
- 两种格式-h/-help都可以
parameter：传给命令的参数，可以是零个/一个/多个
file：待处理文件

文件管理命令

pwd（print working directory）
ls（list information about the files）
- 常见参数
  - -a列出全部文件，包括隐藏文件（all）
  - -l列出目录的详细信息（long）
  - -h将目录容量转换为人类易读的方式GB/KB（human）
  - -S以文件大小排序（Size大写）
  - -t以时间排序（time）
  - -r倒序排列（reverse）
- 推荐命令
```
ll -thr       ##<ll>=<ls -la> 所有文件按时间排序，最新的文件在最下面显示，同时显示文件大小，非常方便！！
```
- 常见用法：ls [参数] [路径/文件名]
  - ls ../列出上层目录的文件
  - ls ./*txt列出当前目录下以txt结尾的文件
- 文件属性：
  
  第一个字母：d文件夹；l连接/快捷方式；~普通文件
  
  后面每三个字母为一组，第一组为自己权限；第二组为网组权限；第三组为其他人权限。
  
  三个字母分别代表：r/4读；w/2写；x/1可执行
  
  ~rwx~~~~~~自己能读写执行，同组人和其他人都没有读写执行的权限。
cd（change directory）
- 无常见参数
- 常见用法：cd [路径/目录]
  - cd ..切换到上层目录
  - cd /切换到根目录
  - cd -返回上一次的工作目录（电视跳台）
  - cd /teach/切换到根目录下的teach，绝对路径
  - cd ~/cd回到家目录
mkdir（make the directory）
- 常见参数：-p/–parents，递归创建目录（可以创建多层级文件夹）
- 常见用法：mkdir [-p]
touch新建空文件
- 无常见参数
- 常见用法： touch file（不常用）
mv（move）
- 无常见参数
- 常见用法：mv A B
  
  A是待改变文件，B如果为文件夹，则移动到B；B如果不为文件夹，则重命名为B
  
  A是待改变文件夹，B如果为文件，报错；B如果为文件夹，则移动到B
  - 删除文件：创建空文件命名为待删除文件，直接覆盖
rm（remove）
- 常见参数：
  - -f force不显示警告讯息
  - -i 在删除前询问用户
  - -r 递归删除文件夹（删除整个文件夹）
- 常见用法
  
  rm [-option] file
cp（copy and paste）
- 常见参数
  
  -r copy
- 常见用法
  
  cp [-option] <SOURCE> <DIRECTORY> 可以在过程中重命名
```
CP readme.txt ./biotrainee/yeah  #移动到文件夹后重命名成yeah
```
ln（link）链接，分软链接（常用）和硬链接（默认）。快捷方式，不用拷贝文件到工作目录，节省空间。
- 常见参数
  
  -s创建一个软链接（硬链接一般不用）
- 常见用法
  
  ln -s <TARGET> <DIRECTORY> 把TARGET文件连接到DIRECTORY目录，文件要写绝对路径。
tar（tape archive）压缩或解压缩
- 常见参数
  - -c创建一个新的tar归档文件（创建压缩文件）
  - -x从已有tar归档文件中提取文件（解压缩）
  - -f输出结果到文件或设备（这个参数只能放在最后一个）
  - -v在处理文件时显示文件（显示处理进度）
  - 将输出重定向给bzip2命令
  - 将输出重定向给gzip命令
- 常见用法
  - 解压缩：tar [-zxvf] [待解压包]
  - 压缩：tar [-zcvf] <压缩后文件名> [待压缩文件/目录]