导读：

通过将用户提供的基因表达定量数据，化合物定量数据映射并渲染到相关的KEGG通路图上，能够帮助我们直观且系统地研究基因、酶、化合物间的关系。

KEGG通路图简介

KEGG PATHWAY数据库是一系列手动绘制的图形图谱的集合，称为KEGG通路图，涵盖了代谢通路、信号通路、各种细胞过程和生物系统相关的通路，以及与人类疾病相关的扰动通路。通路图标识符为：物种缩写+5位的数字编号。例如hsa04064，表示“NF-kappa B signaling pathway - Homo sapiens (human)”，而mmu04064则表示“NF-kappa B signaling pathway - Mus musculus (house mouse)”。

通路图上各个元素所代表的意义

1，打开作图URL

微生信-Pathview在线渲染KEGG pathway map

2，示例数据

点击图片上方的示例数据，下载，并使用excel打开。

输入数据包括两列：

第一列是该pathway中包含的基因/化合物ID。其中基因ID使用的是NCBI的entrez gene id，纯数字，例如3553为基因IL1B; interleukin 1 beta；化合物ID使用的是KEGG的compound ID，以C开头，例如C01245为“D-myo-肌醇 1,4,5-三磷酸盐”，药物ID使用的是KEGG的Drug ID，以D开头，例如D08877为“Briobacept (USAN)”。

第二列是每个基因/化合物对应的数值，可以是倍数变化（log2FC），或者其他任意有意义的数值。

其中首行首列为KEGG的Pathway ID，该ID可以在KEGG官网查询。例如这里的hsa04064为“NF-kappa B signaling pathway - Homo sapiens (human)”。必需指定物种，不能是map04064。

这些信息都可以在KEGG官网进行查询获得，例如KEGG PATHWAY: hsa04064

3，输入检查

示例数据：点击输入框下面的“示例”按钮，将载入示例数据。

真实数据：数据放在excel中，调整好后，Ctrl+A选中数据，Ctrl+C拷贝，Ctrl+V粘贴数据到输入框中。

然后使用输入框下面的“输入检查”按钮先对输入数据进行检查。若检查不通过，请根据检查提示重复【修改-输入检查】步骤，直到检查通过（如下图所示），然后可以继续选择参数。

注：输入检查是新加功能，它会根据不同模块的输入要求，逐行逐列检查输入数据，并给出提示，确保数据符合模块要求。

4，选择参数

基因colorbar颜色：

提供了低颜色，中颜色和高颜色

基因colorbar数值范围

例如若基因的数值范围为[-2.5,3.5]，若最小值和最大值都留空，则colorbar的范围就是[-4,4],即[负的绝对值最大的数向下取整，正的绝对值最大值向上取整]

若设定最小值和最大值，则根据所设定的值（默认取整）设置colorbar对应的数值范围。

化合物colorbar颜色

提供了低颜色，中颜色和高颜色

化合物colorbar数值范围

例如若化合物的数值范围为[-2.5,3.5]，若最小值和最大值都留空，则colorbar的范围就是[-4,4],即[负的绝对值最大的数向下取整，正的绝对值最大值向上取整]

若设定最小值和最大值，则根据所设定的值（默认取整）设置colorbar对应的数值范围。

图例colorbar的位置

左上、左下、右上、右下

5，提交出图

检查通过，并且参数选好后，点击“提交”按钮，约15s后（后台需要从KEGG官网下载数据），会在页面上显示pathway map预览图。由于该图是在KEGG Pathway Map的基础上，对图片进行上色后获得的图，因此，仅提供了300 dpi png格式图片供下载。

在这张KEGG Pathway Map中，红色表示基因表达上调，绿色表示基因表达下调。黄色表示化合物/药物信号上调，蓝色表示化合物/药物信号下调。

当然，也可以只绘制表达数据（左图）或者只绘制化合物/代谢数据（右图）。

pathview官方在线版（Pathview），功能更多。

pathview R包代码版

微生信助力高分文章，用户220000+，谷歌学术4400+