【案例教程】python生物信息多组学大数据深度挖掘与论文整理技巧实践技术应用

生物信息广泛涵盖基因组学、蛋白组学、系统生物学、表观遗传、非编码等前沿领域以及药物设 计、基因工程等应用领域。与传统的理论和实验学科不同,生物信息是一门数据科学,这就需要从业 者具备一定数据收集、管理、处理和分析的能力。在海量的组学数据面前,使用别人开发的软件及图 形界面操作往往不能解决工作中的问题,而简单的编程就可能解决问题,因而编程即成为一个生物信 息工作者的必备技能。本内容就是为生物信息初学者设计的编程。选择 Python 作为生物信息的入门编程语言,是因为 Python 语言提供了从入门到高手的良好的学习曲线。Python 语言是至今为止最接近自然语言的编程语言,学过其它一些编程语言的甚至不 需要太多的训练就能读写其代码;模块化和面向对象的支持,不费力地从一个只能写几行代 码的操作员变成一个管理千行代码的程序员,同时书写良好可读性代码的编程习惯也会令其受益终 生;丰富的标准库和第三方包使得 Python 语言成为当前最好的“胶水语言”,把多方资源整合到一 起来解决工作中的问题。 

【内容简介】:

专题一、Python生物信息经典案例解析与编程经验分享

1. python语言在生物信息学中的应用

2. python语言特点

3. 常见的生物信息数据类型及如何与python语言结合

4. Python生物信息使用场景介绍以及经典案例实操演示 (fasta序列的合并; 序列长度的批量计算; 特定序列的提取;文本处理和格式整理;重测序结果vcf的操作;转录组差异基因结果的筛选;多物种基因家族信息的提取和统计;特定基因集合注释的批量添加……)

5. 生物信息大数据分析思路

6. 相关书籍与资料推荐

7. 自学编程经验分享

专题二、Python语法与案例操作

1. Python的安装及使用

2. Python在linux系统的运行 

3. Python程序的运行

4. DOS、Unix命令行操作基本命令

5. Python变量定义、数字及基本运算

6. 字符串实例脚本编写(DNA序列的操作)

专题三、Python语法与经典实例操作

1. 列表

2. 元组

3. 字典

4. 排序

5. 分位数

6. 异常处理

7. 经典实例脚本编写 (基因名称与序列的存储、操作)

专题四、Python语言数据处理技巧与经典实例操作

1. 函数、异常处理、

2. 正则表达式

3. 高通量测序技术类型及组学数据整合技巧

4. 经典实例脚本编写 (正则表达式的匹配操作)

专题五、Python语言编写循环与经典实例操作

1. Python 编写循环

2. 二代测序数据挖掘、与python的结合

3. 测序数据获得序列号

4. 经典实例脚本编写 (循环操作)

专题六、Python语言处理文件及论文写作技巧

1. 文件读取与输出

2. 如何使SCI论文更具科学性

3. (如何写作、摘要、Introduction、Results、Discussion如何写作才可以使审稿人眼前 一亮)

4. 经典实例脚本编写 (文件操作)

专题七、Python 经典生物信息学数据处理实例

经典生物信息学数据操作实例巩固练习 (部分基因序列从数据库中的提取、基因注释信息的添加、基因启动子序列的提取、数据的排序、数据格式的转换、批量数据的操作。。。。。)

专题八、复习与答疑讨论

1.复习与总结(知识点梳理)

2.实例回顾、训练、巩固。

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.rhkb.cn/news/483608.html

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系长河编程网进行投诉反馈email:809451989@qq.com,一经查实,立即删除!

相关文章

Zookeeper集群数据是如何同步的?

大家好,我是锋哥。今天分享关于【Zookeeper集群数据是如何同步的?】面试题。希望对大家有帮助; Zookeeper集群数据是如何同步的? 1000道 互联网大厂Java工程师 精选面试题-Java资源分享网 Zookeeper集群中的数据同步是通过一种称为ZAB(Zo…

MySQL需掌握到何种程度?才能胜任工作

大家好,我是袁庭新。星友问:MySQL需要学到什么程度?才能胜任日常的软件开发工作呢!以下是一些建议的学习目标和程度,这些目标旨在帮助你在工作中高效地使用MySQL。 数据库的基本概念、MySQL的安装及配置、SQL的概念、S…

HTML 快速上手

目录 一. HTML概念 二. HTML标签 1. 标题标签 2. 段落标签 3. 换行标签 4. 图片标签 5. 超链接标签 6. 表格标签 7. 表单标签 7.1 form 标签 7.2 input 标签 (1) 文本框 (2) 单选框 (3) 密码框 (4) 复选框 (5) 普通按钮 (6) 提交按钮 8. select标签 9. 无语义…

Qt 2D绘图之三:绘制文字、路径、图像、复合模式

参考文章链接: Qt 2D绘图之三:绘制文字、路径、图像、复合模式 绘制文字 除了绘制图形以外,还可以使用QPainter::darwText()函数来绘制文字,也可以使用QPainter::setFont()设置文字所使用的字体,使用QPainter::fontInfo()函数可以获取字体的信息,它返回QFontInfo类对象…

java调用ai模型:使用国产通义千问完成基于知识库的问答

整体介绍: 基于RAG(Retrieval-Augmented Generation)技术,可以实现一个高效的Java智能问答客服机器人。核心思路是将预先准备的问答QA文档(例如Word格式文件)导入系统,通过数据清洗、向量化处理…

Java 基于Spring AI RAG组件做AI智能问答_rag检索增强_AI智能问答

基于RAG技术构建高效Java智能问答客服机器人 基于RAG(Retrieval-Augmented Generation)技术,可以构建高效的Java智能问答客服机器人。首先,通过向量化处理将Word格式的问答QA文档转换为机器可理解的形式,并存储于Vect…

顶刊算法 | 鱼鹰算法OOA-BiTCN-BiGRU-Attention多输入单输出回归预测(Maltab)

顶刊算法 | 鱼鹰算法OOA-BiTCN-BiGRU-Attention多输入单输出回归预测(Maltab) 目录 顶刊算法 | 鱼鹰算法OOA-BiTCN-BiGRU-Attention多输入单输出回归预测(Maltab)效果一览基本介绍程序设计参考资料 效果一览 基本介绍 1.Matlab实…

Redis+Caffeine 多级缓存数据一致性解决方案

RedisCaffeine 多级缓存数据一致性解决方案 背景 之前写过一篇文章RedisCaffeine 实现两级缓存实战,文章提到了两级缓存RedisCaffeine可以解决缓存雪等问题也可以提高接口的性能,但是可能会出现缓存一致性问题。如果数据频繁的变更,可能会导…

单片机学习笔记 12. 定时/计数器_定时

更多单片机学习笔记:单片机学习笔记 1. 点亮一个LED灯单片机学习笔记 2. LED灯闪烁单片机学习笔记 3. LED灯流水灯单片机学习笔记 4. 蜂鸣器滴~滴~滴~单片机学习笔记 5. 数码管静态显示单片机学习笔记 6. 数码管动态显示单片机学习笔记 7. 独立键盘单片机学习笔记 8…

6.824/6.5840(2024)环境配置wsl2+vscode

本文是经过笔者实践得出的最速の环境配置 首先,安装wsl2和vscode 具体步骤参见Mit6.s081环境配置踩坑之旅WSL2VScode_mit6s081-CSDN博客 接下来开始为Ubuntu(笔者使用的版本依然是20.04)配置go的相关环境 1、更新Ubuntu的软件包 sudo apt-get install build-es…

【排序用法】.NET开源 ORM 框架 SqlSugar 系列

💥 .NET开源 ORM 框架 SqlSugar 系列 🎉🎉🎉 【开篇】.NET开源 ORM 框架 SqlSugar 系列【入门必看】.NET开源 ORM 框架 SqlSugar 系列【实体配置】.NET开源 ORM 框架 SqlSugar 系列【Db First】.NET开源 ORM 框架 SqlSugar 系列…

「Mac畅玩鸿蒙与硬件38」UI互动应用篇15 - 猜数字增强版

本篇将带你实现一个升级版的数字猜谜游戏。相比基础版,新增了计分和历史记录功能,用户可以在每次猜测后查看自己的得分和猜测历史。此功能展示了状态管理的进阶用法以及如何保存和显示历史数据。 关键词 UI互动应用数字猜谜状态管理历史记录用户交互 一…

040集——CAD中放烟花(CAD—C#二次开发入门)

效果如下: 单一颜色的烟花: 渐变色的火花: namespace AcTools {public class HH{public static TransientManager tm TransientManager.CurrentTransientManager;public static Random rand new Random();public static Vector3D G new V…

【机器学习】分类任务: 二分类与多分类

二分类与多分类:概念与区别 二分类和多分类是分类任务的两种类型,区分的核心在于目标变量(label)的类别数: 二分类:目标变量 y 只有两个类别,通常记为 y∈{0,1} 或 y∈{−1,1}。 示例&#xff…

Python实现网站资源批量下载【可转成exe程序运行】

Python实现网站资源批量下载【可转成exe程序运行】 背景介绍解决方案转为exe可执行程序简单点说详细了解下 声明 背景介绍 发现 宣讲家网 的PPT很好,作为学习资料使用很有价值,所以想下载网站的PPT课件到本地,但是由于网站限制,一…

基于Matlab卡尔曼滤波的GPS/INS集成导航系统研究与实现

随着智能交通和无人驾驶技术的迅猛发展,精确可靠的导航系统已成为提升车辆定位精度与安全性的重要技术。全球定位系统(GPS)和惯性导航系统(INS)在导航应用中各具优势:GPS提供全球定位信息,而INS…

【计算机网络】实验6:IPV4地址的构造超网及IP数据报

实验 6:IPV4地址的构造超网及IP数据报 一、 实验目的 加深对IPV4地址的构造超网(无分类编制)的了解。 加深对IP数据包的发送和转发流程的了解。 二、 实验环境 • Cisco Packet Tracer 模拟器 三、 实验内容 1、了解IPV4地址的构造超网…

使用ESP32通过Arduino IDE点亮1.8寸TFT显示屏

开发板选择 本次使用开发板模块丝印为ESP32-WROOM-32E 开发板库选择 Arduino IDE上型号选择为ESP32-WROOM-DA Module 显示屏选择 使用显示屏为8针SPI接口显示屏 驱动IC为ST7735S 使用库 使用三个Arduino平台库 分别是 Adafruit_GFXAdafruit_ST7735SPI 代码详解 首…

[C++设计模式] 为什么需要设计模式?

文章目录 什么是设计模式?为什么需要设计模式?GOF 设计模式再次理解面向对象软件设计固有的复杂性软件设计复杂性的根本原因如何解决复杂性?分解抽象 结构化 VS 面向对象(封装)结构化设计代码示例:面向对象设计代码示例&#xff1…

机器学习:精确率与召回率的权衡

高精度意味着如果诊断得了那种罕见病的病人,可能病人确实有,这是一个准确的诊断,高召回率意味着如果有一个还有这种罕见疾病的病人,也许算法会正确的识别他们确实患有这种疾病,事实中,在精确与召回之间往往…