Day5:生信新手笔记 — R语言基本语法

一、数据类型

(重点只有两个,剩下的不看)

1.1 向量(vector)

矩阵(Matrix)

数组(Array)

1.2 数据框(Data frame)

x<- c(1,2,3) #常用的向量写法,c表示concatenate,意为将x定义为由元素1,2,3组成的向量。x
x<- 1:10 #从1-10之间所有的整数x
x<- seq(1,10,by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数(注意是逗号不是分号)x
x<- rep(1:3,times=2) #1-3 重复2次x

在这里插入图片描述

二、从向量中提取元素

2.1 根据元素位置

x = 1:8
#这里的x是你刚才赋值的变量名,根据自己的情况来修改
x[4] #x第4个元素
x[-4]#排除法,除了第4个元素之外剩余的元素
x[2:4]#第2到4个元素
x[-(2:4)]#除了第2-4个元素
x[c(1,5)] #第1个和第5个元素

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2.2 根据值

x[x==10]#等于10的元素
x[x<0]
x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c(1,2,5)中的元素

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三、数据框的读取、导出、查看

3.1读取本地数据

X<-read.csv('doudou.txt')

下图是示例数据。将示例数据放在你的工作目录下(重要),记得用project管理工作目录。
原始数据
在这里插入图片描述

a = read.table(file="huahua.txt", sep="\t", header=T)

运行结果

3.2 查看行名和列名、行数和列数

colnames(a) #查看列名
rownames(a) #查看行名,默认值的行名就是行号,1.2.3.4...
dim(a)#几行几列

在这里插入图片描述

3.3 数据框的导出

write.table(a,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)  #分隔符改为逗号,字符串不加双引号(默认格式带由双引号)

结果

3.4 变量的保存与重新加载

#这次没有处理完的数据下次想接着用怎么办?--学会保存和重新加载。保存的格式是RData。
save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存当前所有变量
save(a,file="test.RData")#保存其中一个变量
load("test.RData")#再次使用RData时的加载命令

3.5 提取元素

- a[x,y]  #第x行第y列
- a[x,]   #第x行
- a[,y]   #第y列
- a[y]    #也是第y列
- a[x:y]  #第x列到第y列
- a[c(a,b)]   #第a列和第b列
- a$列名       #也可以提取列(优秀写法,支持Tab自动补全哦,不过只能提取一列)

在这里插入图片描述

3.6 直接使用数据框中的变量

iris是R语言的内置数据,可以直接使用。提取某两列作散点图:

plot(iris$Sepal.Length,  iris$Sepal.Width)

在这里插入图片描述

四、 常见问题

一个问题:save(a,file=“test.RData”)这句代码如果报错object a not found,是为什么,应该怎么解决?

a不存在,未定义或者不在该环境中。
最好先打印 a 的数值看一下。

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