R语言 | ComplexHeatmap 画注释若干基因的热图 //todo

一般顺序:

  • 先用 pheatmap 聚类
  • 再用 ComplexHeatmap 做可视化:添加顶部、左侧聚类颜色,显示若干代表性基因
gene=c("Gene18", "Gene19", "Gene7","Gene3", "Gene9", "Gene15")
gene_pos=which(rownames(test) %in% gene) #3  7  9 15 18 19#右侧要注释的基因
row_anno=rowAnnotation(gene=anno_mark(at=gene_pos, #位置labels=gene, #文字labels_gp=gpar(fontsize=8, col="red"))) #样式
Heatmap( test,heatmap_legend_param = list(title=""), #修改图例标题,该语句或者 name=语句show_row_names = F, #不显示右侧注释right_annotation = row_anno) #只显示感兴趣基因

在这里插入图片描述

ref

  • https://dawneve.github.io/R_best_practice/plots.html#complexheatmap-%E7%83%AD%E5%9B%BE%E5%8A%9F%E8%83%BD%E5%A4%9A
  • https://www.jianshu.com/p/eb8548cf73c4

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