基于比对排序去除重复后的BAM文件,使用deepvariant进行Calling 变异, 可指定基因组区域(染色体编号:开始位置-结束位置格式),docker封装,适用于Calling SNPs/Indels及基于VCF的基因分型等,在输出目录生成VCF文件。 1. deepvariant分析示例 参数1:工作分型的目录(变异VCF文件输出的目录) 参数2:样本名称 参数3:分析的基因组区域 参数4:输入的样本bam文件路径 sh deepvariant.sh "/analysis/data/" \ "sample" \ "chr16:10182952-10450321"