生信技能69 - 使用deepvariant进行对基因组指定区域Calling SNPs/Indels

基于比对排序去除重复后的BAM文件,使用deepvariant进行Calling 变异, 可指定基因组区域(染色体编号:开始位置-结束位置格式),docker封装,适用于Calling SNPs/Indels及基于VCF的基因分型等,在输出目录生成VCF文件。

1. deepvariant分析示例

参数1:工作分型的目录(变异VCF文件输出的目录)
参数2:样本名称
参数3:分析的基因组区域
参数4:输入的样本bam文件路径

sh deepvariant.sh "/analysis/data/" \
"sample" \
"chr16:10182952-10450321" 

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