基因型—环境两向表数据分析——品种生态区划分

参考资料:农作物品种试验数据管理与分析

        用于品种生态区划分的GGE双标图有两种功能图:试点向量功能图和“谁赢在哪里”功能图。双标图的具体模型基于SD定标和h加权和试点中心化的数据。本例中籽粒产量的GGE双标图仅解释了G和GE总变异的53.6%,说明籽粒产量的GE/G比率更大,GE的构成也更为复杂。对前6个主成分得分的分析表明,前3个主成分的信息比IR大于1,说明需要用前3个主成分才能充分展示数据中的GGE模式。也就是说,PC1和PC2的双标图不能完全展示GGE模式。虽然如此,该双标图仍然可以展示数据中最重要的模式。

1、GGE双标图的试点向量功能图

        GGE双标图的试点向量功能图便于展示试点间的遗传相关性。下图中:13个试点被明显地划分为两组;同组的试点间显著正相关,而不同组试点间存在负相关关系。

        试点间的夹角是表示试点间G与GE相对大小。上图中,一些试点间GE效应较大,例如ON7和NB之间就存在较强的负相关。试点间存在负相关就表示目标区域可能包含不同的品种生态区

2、GGE双标图的“谁赢在哪里”功能图

        品种生态区常用“谁赢在哪里”模式来划分,这是由AMMI分析方法的倡导者Gauch和Zobel首先提出来的术语。GGE双标图的“谁赢在哪里”可以简洁高效地展示基因型—环境两向表数据中的GGE模式。

        下图就是“谁赢在哪里双标图”,与前一个功能图相比,仅仅是去掉了试点向量,而增加了多边形和从原点到多边形各边的垂线。多边形是通过链接距离原点最远的基因型,并将所有基因型包含在内而形成的。从原点出发垂线将多边形划分为不同的扇区。

        第一个扇区位于射线1和6之间,包括4个试点;基因型“Sylva”位于该扇区内多边形的顶角上,表示该品种在名义上式这组试点产量最高的基因型。

        第二个扇区位于射线5和6之间,包括4个试点;基因型“Optimum”是该区的顶角品种,表明Optimum是这些试点中名义上的赢家。

        第三个扇区在射线4和5之间,仅包含一个试点,即ON5;该扇区名义上的赢家是基因型“1232-5”。

        第四个扇区位于射线3和4之间,该区也只有ON7一个试点,其优势基因型时“1189-4”。

        基于以上的GGE双标图分析,我们可以说这里有4个生态区吗?答案是否定的。这是因为后面3个区可能在统计上是不显著的,因为优势品种距离很近,并且排除了ON2,其他试点均在正相关关系。因此GGE双标图的“谁赢在哪里”模式不是生态区划分的唯一标准。

        GGE双标图“谁赢在哪里”功能图确实解释了示例中可能包括一个试点间密切相关的品种生态区和一个试点间关联松散的品种生态区。

        在品种生态区划分方面,上述GGE双标图的两种功能图都是有用的,可以相互补充。需要重申一点,品种生态区划分的结论对育种和品种推荐有着长期的影响,必须基于多年品种试验数据进行分析。单年数据分析只能得出提示性的结果,仍需从多年试验数据进行证实。

        下面这张图标有8.5的双标图与上面那个标有8.4的双标图是相同,只是图8.5采用了基因型聚焦的奇异值分析方法。图8.5展示的“谁赢在哪里”模式与上面的图8.4中的模式完全相同。这里把这两个图列出来是要说明两点:首先,选择不同的奇异值分配方式会改变双标图的形状,但不会改变“谁赢在哪里”模式;其次,就双标图表达模式的清晰度方面,一种奇异值分配方式可能会比其他分配方式更明确。例如在图8.4中基因型Sylva和试点QC4重叠,而图8.5可以很好地将它们分开,图形的可读性更强。两个图也有不同之处:图8.5更加适合基因型评价,而图8.4更适合于试点评价

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.rhkb.cn/news/25662.html

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系长河编程网进行投诉反馈email:809451989@qq.com,一经查实,立即删除!

相关文章

【江科大STM32】TIM输出比较(学习笔记)

本章图片文字内容也为重要知识,请马住! 输出比较简介 OC(Output Compare)输出比较输出比较可以通过比较CNT与CCR寄存器值的关系,来对输出电平进行置1、置0或翻转的操作,用于输出一定频率和占空比的PWM波形…

在Linux上安装MySQL

1.下载Linux版MySQL安装包 https://downloads.mysql.com/archives/community/ 2. 上传MySQL安装包 (FinalShell示例) 3. 创建目录,并解压 mkdir mysqltar -xvf mysql-8.0.26-1.el7.x86_64.rpm-bundle.tar -C mysql4. 安装mysql的安装包 cd mysqlr…

MyBatis的关联映射

前言 在实际开发中,对数据库的操作通常会涉及多张表,MyBatis提供了关联映射,这些关联映射可以很好地处理表与表,对象与对象之间的的关联关系。 一对一查询 步骤: 先确定表的一对一关系确定好实体类,添加关…

智能AI替代专家系统(ES)、决策支持系统(DSS)?

文章目录 前言一、专家系统(ES)是什么?二、决策支持系统(DSS)是什么?1.决策支持系统定义2.决策系统的功能与特点3.决策支持系统的组成 三、专家系统(ES)与决策支持系统(D…

C++学习之函数、指针、字符串

一.函数; 1.函数的定义和调用 2.函数的声明 3.函数的分类 4.函数的值传递 5.函数的分文件编写 //#define _CRT_SECURE_NO_WARNINGS //#include<stdio.h> //#include<string.h> //#include<stdlib.h> //#include "test.h" // // //int main() //{ …

C#-委托

Action 无返回值&#xff0c;多线程常用 Action<string> action1 (name) > Console.WriteLine($"hello {name}"); action1("tom"); Func 有返回值&#xff0c;扩展方法常用&#xff0c;最后一个参数是输出参数 Func<int, int, double>…

场景重建——Nerf场景重建

3DGS和Nerf的区别 一、概念二、3DGS区别三、相关工作三、Nerf相关工作3.1、Point-NeRF&#xff08;CVPR2022:Point-Based Neural Radiance Fileds&#xff09;3.2、Plenoxels(CVPR2022:Radiance Fields without Neural Networks)3.3、MARS: An Instance-aware, Modular and Rea…

java jar包内的jar包如何打补丁

问题描述&#xff1a; 主包&#xff1a;hisca.jar&#xff0c;解压后 BOOT-INFO/lib下有其他jar包 因为一个小bug&#xff0c;需要修改这个hisca包下BOOT-INF/lib下的子jar包service-hisca-impl-1.0.0.jar中的一个service类及xml文件 操作步骤&#xff1a; 1、主包jar -xvf …

一文读懂,外贸中的invoice是什么意思?如何制作?

在外贸领域&#xff0c;invoice 这一词汇频繁出现&#xff0c;它对于国际贸易的顺利进行起着至关紧要的作用。本文将深入剖析外贸中 invoice的具体含义、与商业发票的区别&#xff0c;以及其开具流程与注意事项&#xff0c;同时向大家推荐一款高效实用的发票制作工具 ——Zoho …

【论文笔记-TPAMI 2024】FreqFusion:用于密集图像预测的频率感知特征融合

Frequency-aware Feature Fusion for Dense Image Prediction 用于密集图像预测的频率感知特征融合 Abstract&#xff1a;密集图像预测任务要求具有强类别信息和高分辨率精确空间边界细节的特征。为了实现这一点&#xff0c;现代分层模型通常利用特征融合&#xff0c;直接添加…

DeepSeek 专家级操作手册详解

✅作者简介&#xff1a;2022年博客新星 第八。热爱国学的Java后端开发者&#xff0c;修心和技术同步精进。 &#x1f34e;个人主页&#xff1a;趣享先生的博客 &#x1f34a;个人信条&#xff1a;不迁怒&#xff0c;不贰过。小知识&#xff0c;大智慧。 &#x1f49e;当前专栏&…

【Django自学】Django入门:如何使用django开发一个web项目(非常详细)

测试机器&#xff1a;windows11 x64 python版本&#xff1a;3.11 一、安装Django 安装步骤非常简单&#xff0c;使用pip安装就行 pip install django安装完成之后&#xff0c;python的 Scripts 文件夹下&#xff0c;会多一个 django-admin.exe (管理创建django项目的工具)。…

优云智算:借助强大镜像社区,开启AI算力新纪元!

&#x1f381;个人主页&#xff1a;我们的五年 &#x1f50d;系列专栏&#xff1a;Linux网络编程 &#x1f337;追光的人&#xff0c;终会万丈光芒 &#x1f389;欢迎大家点赞&#x1f44d;评论&#x1f4dd;收藏⭐文章 ​ 目录 前言&#xff1a; 平台介绍&#xff1a; …

抖音生活服务加强探店内容治理,2024年达人违规率下降30%

发布 | 大力财经 2月27日&#xff0c;抖音生活服务发布《2024抖音生活服务消费者权益保护年度报告》&#xff08;以下简称“报告”&#xff09;。报告显示&#xff0c;过去一年&#xff0c;抖音生活服务针对消费者反感的虚假、夸张探店内容&#xff0c;开展了专项治理。通过一…

LeetCode 热门100题-回文链表

题目描述&#xff1a; 给你一个单链表的头节点 head &#xff0c;请你判断该链表是否为回文链表。如果是&#xff0c;返回 true &#xff1b;否则&#xff0c;返回 false 。 示例 1&#xff1a; 输入&#xff1a;head [1,2,2,1] 输出&#xff1a;true 逻辑&#xff1a; 首先…

SpringCloud之Eureka、Ribbon、OpenFeign

目录1. SpringCloud Eureka&#xff08;服务注册与发现组件&#xff09;2. SpringCloud Ribbon&#xff08;负载均衡与服务调用组件&#xff09;3. SpringCloud OpenFeign&#xff08;负载均衡与服务调用组件&#xff09;SpringCloud&#xff1a;用于开发高度可扩展、高性能的分…

mamba_ssm和causal-conv1d详细安装教程

1.前言 Mamba是近年来在深度学习领域出现的一种新型结构&#xff0c;特别是在处理长序列数据方面表现优异。在本文中&#xff0c;我将介绍如何在 Linux 系统上安装并配置 mamba_ssm 虚拟环境。由于官方指定mamba_ssm适用于 PyTorch 版本高于 1.12 且 CUDA 版本大于 11.6 的环境…

【MySQL】表的基本操作

??表的基本操作 文章目录&#xff1a; 表的基本操作 创建查看表 创建表 查看表结构 表的修改 表的重命名 表的添加与修改 删除表结构 总结 前言&#xff1a; 在数据库中&#xff0c;数据表是存储和组织数据的基本单位&#xff0c;对于数据表的操作是每个程序员需要烂熟…

CES Asia 2025聚焦量子计算,多领域进展引关注

作为亚洲地区极具影响力的科技盛会&#xff0c;CES Asia 2025第七届亚洲消费电子技术贸易展&#xff08;赛逸展&#xff09;将在首都北京举办。本届展会以“创新、智能、互联”为主题&#xff0c;将全方位展示全球消费科技领域的最新成果与发展趋势。其中&#xff0c;量子计算作…

wps加载项学习3-扩展

WPS扩展API &#xff08;创建一个WebShape&#xff0c;WebShape身上有一个DataSource方法&#xff0c;DataSource有一个属性CreateDataRange&#xff09;绑定数据源&#xff0c;具体应用场景未知 NativeX扩展&#xff0c;把C&#xff0c;ruby&#xff0c;python等语言实现的算法…