软件安装
Anaconda
所有语言的包(package)、依赖(dependency)和环境(environment)管理器，类似应用商店
Conda < Miniconda < Anaconda（有交互界面）
Linux下Miniconda即可
安装Miniconda
搜索北外/清华miniconda镜像网站，复制最新版本链接：Miniconda3-...-latest....-Linux-x86-64.sh
下载：
wget -c <downloadwebsite>
-c断点续传参数
安装：
-
运行
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -
查看并同意软件license【进入more模式，q退出，yes确认】
-
选择安装位置
-
同意conda初始化【yes】
-
重新加载
source ~/.bashrc -
设置是否激活base（选用）
conda config --set auto_activate_base false
- Tips：浏览器中
Ctrl+F可以搜索网页内容
Conda频道：
添加频道：
conda config --add channels <URL>
URL来源：清华镜像网站/北外镜像网站，查看第三方源完整列表复制即可。
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
-
添加的频道存在
~/.condarc目录中，建议删除其中的'defaults'可以提速sed -i '/defaults/d' ~/.condarc -
建议先安装main然后conda-forge然后bioconda可提速
Conda环境管理
使用Conda安装时，先创建独立环境
避免将软件装进base环境，以免让conda崩溃
-
创建小环境
conda create -n rna [python=2.7]-n指定环境名称-y跳过确认步骤，直接回答yes -
激活小环境
conda activate rna启动rna这个小环境
-
退出当前环境
conda deactivate -
查看已存在的小环境，
*表示正在激活的环境conda env listconda info --env
-
删除已创建的小环境及安装包
conda remove -n rna --all -
conda升级问题：重大更新之后可以升级一下
创建环境成功时会出现三个done
Conda命令规则：主命令Conda +子命令
软件安装
按需取用
转录组
-
质量控制
fastqc、multiqc、fastp、trimmomatic、cutadapt、trim_galore…
-
比对&定量
hisat2、bowtie、bowtie2、STAR、salmon、subread(featureCount) …
-
无参组装
Trinity(没有参考基因组)
查询conda可以装的软件
-
网站查询
https://anaconda.org/search https://bioconda.github.io/ -
conda search <software> -
关键词搜索
-
安装代码示例
conda install bioconda::fastp ##官网来源 conda install fastp ##配置频道来源 conda install fastp=<版本号> ##指定版本号
成功！
-
检查安装成功方法：
fastp --help能打印出帮助文档大概率已经成功了！ -
查看本环境中已安装的软件
conda list ##列出所有 conda list fast ##列出含有fast字符的所有软件 conda list -n rna #查看指定环境的软件 -
删除软件
conda remove fastqc conda remove -n rna fastqc不建议删除软件
-
升级软件
conda update fastqc(不常用，可以直接指定安装版本) -
小Tips，conda崩溃可以先将环境配置备份，删除conda后再下载。
-
程序调用名和下载名不一定相同。
环境迁移
导出当前环境
conda env export envname > env.yml #跨平台
conda list --explicit > env.txt #仅限同平台
导入环境
conda env create --name<envname> --file env.yml
conda create --name<env> --file <this file>
常见报错
-
CondaHTTPerror HTTP000
- 检查服务器网络
ping www.baidu.com - 清空环境中所有的缓存
conda clean -a - 把
~/.condarc中的https换成http - 晚点再试试~
- 检查服务器网络
-
Solving environment
- 网络较差晚点再来
- 清空缓存
-
ModuleNotFoundError
- 缺啥补啥，直接安装缺少的模块
-
缺失libtbb.so.2
conda install tbb=2020.3
-
缺失libstdc++.so.6
-
conda install libstdcxx-ng=9.1.0 -
conda install libgcc cp ~/miniconda3/lib/libstdc++.so.6 ~/miniconda3/ -
conda update --all -
export LD_LIBRARY_PATH
-
环境变量
用于存储有关shell会话和工作环境的系统变量
-
打印变量
echo $HOME -
常见环境变量：
- HOME：当前用户主目录
- PATH：shell查找命令的目录列表，由冒号分隔。使用命令的时候是从PATH中查找是否有这条命令。配置小环境的基石
- SHELL ：bash shell 的全路径名
- LOGNAME ：当前用户的登录名
- PS1：shell命令行界面的主提示符
-
~/.bashrc：系统配置文件，包含设置信息，修改后需要运行一下才生效source ~/.bashrc -
建议在家目录下配置一个
./bin, 将这个目录放入执行PATH中，手动安装的内容可以放入binmkdir bin vim ~/.bashrc #最后一行 export PATH="~/bin:$PATH"
一个命令被执行的三个要素
输入命令后被全局调用，需要满足三个条件：
- 命令的本体文件真实存在在服务器中。
- 命令的本体文件有可执行权限。
- 这个命令被系统查找到（命令路径在$PATH中记录）。
自定义一个命令
- 创建一个命令文件
- 赋予执行权限
chmod u+x filename - 命令路径纳入PATH
-
Tips：
bget使用doi下载OA文献。wget-c https://github.com/clindet/bget/releases/download/v0.3.2/bget_0.3.2_Linux_64-bit.tar.gz引用自生信技能树课程！
