Pfam是一个蛋白家族数据库，其中Pfam-A是手工确定的高质量的蛋白家族，Pfam-B是自动注释的，是对A的补充。目前已更新到34.0，下载地址为ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/releases/，任选一版本即可，需要两个文件， Pfam-A.hmm.gz和 Pfam-A.hmm.dat.gz。

hmmer的安装

由于Pfam-A需要进行二进制的转换，方便运算，所以需要用到hmmer软件。
安装过程如下：

$ wget http://eddylab.org/software/hmmer/hmmer.tar.gz
$ tar zxvf hmmer.tar.gz
$ cd hmmer-3.3
$ ./configure --prefix=`pwd`
$ make
$ make install

安装完成后，最好把hmmer的bin目录添加到PATH中去，方便pfam_scan.pl的调用。

• Pfam文件的转化：

$ hmmpress Pfam-A.hmm

• hmmer也可以直接鉴定pfam

$ hmmscan -o out.txt --tblout out.tbl  -E 1e-5 Pfam-A.hmm query.fa

Pfam_scan的使用

• Pfam_scan.pl的安装特别简单，直接下载解压即可。

$ wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/Tools/PfamScan.tar.gz
$ gunzip PfamScan.tar.gz

• 安装完成后PfamScan目录下主要有三个文件ChangeLog， pfam_scan.pl，README以及一个文件夹Bio（主要存放需要的模块），可以直接使用pfam_scan.pl脚本即可运行（其需要调用hmmer的hmmscan），其参数如下：
  
  一般情况下，我们只需要用到三个参数：
  -fasta 需要检索的蛋白序列的fasta文件；
  -dir 存放Pfam-A数据库的目录；
  -outfile 需要输出的文件名字。

• 命令如下：

$ perl pfam_scan.pl -fasta query.fa -dir ~/pfam-A -outfile out.pfam

在最终的输出结果里面，我们一般可以通过两种方式去检索自己所需要的基因：

1. 已知蛋白的PF编号，如红框1；
2. 已知蛋白的名字，如红框2.