一.开头
上面这个界面是不是非常熟悉?Rstudio 死亡圈圈一般发生在输入账号密码后进入Rstudio的时候,如果之前运行过大任务,有可能会出现这种情况。Rstudio常见问题我们如何排查和处理,本文章将给你一些思路和处理方式。
【ads】如果您不想被生信分析环境问题所困扰,不妨试试生信专用云服务器。现在还可免费体验5小时。7000 + 专业用户的选择,10000+ 用户使用案例沉淀帮助你少走弯路 https://www.tebteb.cc
二.处理
2.1死亡圈圈
处理办法:
1.杀掉进程
# 获取进程号
ps -ef | grep "/usr/lib/rstudio-server/bin/rsession -u $(whoami)" | grep -v grep
# 杀掉进程:将123换成上一步得到的进程号 -9是固定的值,不要动(下面还有一行,是grep进程,无需理会,只需要关注红色框的进程)
kill -9 123
# 上述两条命令实现的功能也可以使用下面这一条命令来实现
ps -ef | grep "/usr/lib/rstudio-server/bin/rsession -u $(whoami)" | grep -v grep | awk '{print $2}' | xargs kill -15
2.清除session
# 输入命令,删除session文件(注意,新旧版R studio的目录位置不一样,可以先看看哪个目录有内容,然后再删除)
# 新版
ls ~/.local/share/rstudio/sessions/active
# 如果有内容,则删除
rm -rf ~/.local/share/rstudio/sessions/active
# 旧版
ls ~/.rstudio/sessions/active/session-*
# 如果有内容则删除
rm -rf ~/.rstudio/sessions/active/session-*
# 或者这个目录
ls -l ~/.local/share/rstudio/ctx/
# 看看有没有environment文件,将其删除
rm ~/.local/share/rstudio/ctx/environment
刷新浏览器。再尝试登录r studio
2.2异常崩溃
处理办法:
如果你遇到异常崩溃,这类情况通常您需要排查日志。请执行下面命令,根据日志记录有不懂的话可以问问GPT哈哈哈
# 查看版本
rstudio-server version
# 查看状态
service rstudio-server status
# 查看日志
sudo journalctl -u rstudio-server --since "24 hour ago" --no-pager
2.2 已知一些异常
- RStudio server keeps randomly crashing due to a same jsonrpc error
- Error with 'cacheKey' in .rs.WorkingDataEnv and .rs.CachedDataEnv
2023-03-09T17:41:28.759247Z [rserver-monitor] ERROR 2023-03-09T17:41:28.759048Z [rsession-bend1] ERROR jsonrpc error 7 (Method not found) [method: set_computed_theme_colors]
OCCURRED AT void rstudio::session::rpc::handleRpcRequest(const rstudio::core::json::JsonRpcRequest&, rstudio_boost::shared_ptr<rstudio::session::HttpConnection>, rstudio::session::http_methods::ConnectionType) src/cpp/session/SessionRpc.cpp:345;
LOGGED FROM: void rstudio::session::rpc::handleRpcRequest(const rstudio::core::json::JsonRpcRequest&, rstudio_boost::shared_ptr<rstudio::session::HttpConnection>, rstudio::session::http_methods::ConnectionType) src/cpp/session/SessionRpc.cpp:350\|\|\|
--
2023-03-09T17:31:00.937519Z [rserver-monitor] ERROR 2023-03-09T17:31:00.937149Z [rsession-bend1] ERROR The previous R session terminated abnormally
LOGGED FROM: rstudio::core::Error {anonymous}::rInit(const rstudio::r::session::RInitInfo&) src/cpp/session/SessionMain.cpp:721\|\|\|
处理办法, 原因:Rstudio的bug
升级Rstudio版本
2.3 需要删除Session的异常
- ERROR system error 37 (No locks available)
- ERROR system error 39 (Directory not empty)
处理办法
清除session
2.4 R Session Disconnected
处理办法
- 出现这个问题,先排除一下自己的帐号是否被别人登录了,或者你是否在另外的浏览器进行了登录,或者在另外一个标签页进行了登录。Rstudio一个帐号只能在一个浏览器的标签中进行访问。
- 如果排除了上述的情况,进行下面的检查
-
- 是否内存超出使用量,内存溢出的话,Rstudio进程会被系统杀死。
- 硬盘空间是否充足,硬盘空间不足的话,Rstudio也会崩溃。
- 查看是否有多个Rsession,是否是loading的时候,重新打开了Rstudio
- 确认资源没有问题,查看日志进行进一步排查
三.结束
今天我们列举了一些大家使用Rstudio Server 常用的异常和错误,或许你此刻被这些其中的问题弄得十分懊恼,不过没有关系希望文章对你有所帮助。
如果您不想被生信分析环境问题所困扰,不妨试试生信专用云服务器。现在还可免费体验5小时。7000 + 专业用户的选择,10000+ 用户使用案例沉淀帮助你少走弯路 https://www.tebteb.cc