目录
第一步、修改hosts文件
1.打开https://github.com.ipaddress.com/
2.打开https://fastly.net.ipaddress.com/github.global.ssl.fastly.net#ipinfo
3.打开hosts文件,并在文件末尾添加如下内容
第二步、编译ANTs
1)首先安装git、cmake以及c++编译器
2)编译
3)配置bin目录,如果没有bin目录,就创建一个bin目录
4)配置环境变量
第三步、使用ANTs
第一步、修改hosts文件
1.打开https://github.com.ipaddress.com/
向下拉动,找到如下页面,记住IP地址
2.打开https://fastly.net.ipaddress.com/github.global.ssl.fastly.net#ipinfo
向下拉动,找到如下页面,记住IP地址
3.打开hosts文件,并在文件末尾添加如下内容
使用命令sudo nano /etc/hosts,如没有nano可用命令sudo apt install nano安装
140.82.112.3 github.com
151.101.1.6 github.global.ssl.fastly.net
151.101.65.6 github.global.ssl.fastly.net
151.101.129.6 github.global.ssl.fastly.net
151.101.193.6 github.global.ssl.fastly.net
ctrl + o 写入保存,enter 确认,ctrl + x 退出
网址最好用https打头,不要改为git打头
第二步、编译ANTs
1)首先安装git、cmake以及c++编译器
sudo apt install git
sudo apt install cmake-curses-gui
sudo apt install build-essential// 安装完之后进行更新
sudo apt update
2)编译
//这里文件保存在ANTs
git clone https://github.com/ANTsX/ANTs.git //如果已经下载了ANTs文件,这一步可以忽略
mkdir antsbin //跟ANTs在同一级目录
cd antsbin
ccmake ../ANTs //配置ANTs,进入cmake界面,按下C键,等待加载完成再按下C键,G键
make -j 4 //编译,4是指定线程,如果Ubuntu编译过程出现卡退就降低并行线程数,2或1都行
3)配置bin目录,如果没有bin目录,就创建一个bin目录
mkdir bin //在antsbin目录下创建bin
cp ./ANTS-build/Examples/* ./bin //将ANTS-build/Examples下的文件复制到bin目录中
cp ./staging/bin/* ./bin //将staging/bin下的文件复制到bin目录中
cp ../ANTs/Scripts/* ./bin //将ANTs/Scripts下的文件复制到bin目录中
4)配置环境变量
cd ~ //回到主目录
nano ~/.bashrc //使用nano编译,插入如下内容
export ANTSPATH=/home/.../antsbin/bin/ //注意这里添加你的antsbin/bin的根目录
export PATH="$ANTSPATH:$PATH"
source ~/.bashrc //激活环境
第三步、使用ANTs
nano ~/.bashrc //打开文件,在末尾添加如下内容
export PATH=$PATH:/home/.../ANTs/Scripts //这里添加你的ANTs源文件文件下Scripts的根目录
// ctrl + o 写入保存,enter 确认,ctrl + x 退出
source ~/.bashrc
配置好之后即可进行配准,输入如下命令
//这里我用常用的SyN进行示范
antsRegistrationSyN.sh -d 2 -f fixed.jpg -m moving.jpg -o output
//注意这里图片的路径要使用你的图片的具体路径
也可直接输入antsRegistrationSyN.sh查看具体使用说明