单细胞数据分析(一):10X数据生成seurat数据对象

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文章目录

    • 介绍
    • 加载R包
    • 数据链接
    • 导入数据
    • 过滤细胞:移除双重细胞
    • 合并所有seurat数据对象
    • 输出结果
    • 系统信息

介绍

在单细胞基因组学研究中,Seurat是一个流行的R包,用于单细胞基因表达数据的分析和探索。以下是如何从10X基因注释数据生成Seurat数据对象,并对该数据进行过滤的步骤:

  1. 安装和加载必要的R包
  2. 读取10X基因注释数据
  3. 创建Seurat数据对象
  4. 数据预处理
  5. 过滤细胞和基因

加载R包

  1. tidyverse是一个包含了多个R包的集合,这些包共同提供了一套统一的接口和语法来处理数据科学任务。它包括了ggplot2(数据可视化)、dplyr(数据操作)、tidyr(数据整理)、readr(数据读取)、purrr(函数式编程)、tibble(数据框操作)等包。在单细胞数据分析中,tidyverse中的包可以帮助进行数据清洗、转换和可视化。

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