文章目录
- 介绍
- 加载R包
- 数据链接
- 导入数据
- 过滤细胞:移除双重细胞
- 合并所有seurat数据对象
- 输出结果
- 系统信息
介绍
在单细胞基因组学研究中,Seurat是一个流行的R包,用于单细胞基因表达数据的分析和探索。以下是如何从10X基因注释数据生成Seurat数据对象,并对该数据进行过滤的步骤:
- 安装和加载必要的R包
- 读取10X基因注释数据
- 创建Seurat数据对象
- 数据预处理
- 过滤细胞和基因
加载R包
tidyverse
是一个包含了多个R包的集合,这些包共同提供了一套统一的接口和语法来处理数据科学任务。它包括了ggplot2
(数据可视化)、dplyr
(数据操作)、tidyr
(数据整理)、readr
(数据读取)、purrr
(函数式编程)、tibble
(数据框操作)等包。在单细胞数据分析中,tidyverse
中的包可以帮助进行数据清洗、转换和可视化。