ADNI静息态功能核磁共振成像数据预处理总流程共如下八步
目录
1. 下载DICOM格式数据
2. DICOM -> NIFTI格式 输出s开头文件
3. 时间层校正Slice Timing 输出as开头文件
4. 头动校正Realignment 输出ras开头文件
5. 归一化Normalize 输出w开头文件
6. 平滑Smooth 输出sw开头文件
7. 配准Co-register reslice
8. 提取ROI
word资源：https://download.csdn.net/download/m0_37852937/19053920
1. 下载DICOM格式数据
登陆地址：http://adni.loni.usc.edu/data-samples/access-data/
输入登录账号及密码->ADNI GO->DOWNLOAD IMAGE Collections->Advanced Search(beta)->确定Research Group: EMCI LCMI AD CN Image Description:Resting State fMRI-> Display in result->csv doenload （注：网页加载很慢）
建议单个下，如果all同时下，会出现断网，网中断，下载失败或文件不全。且不好统计哪些是下载过的。
已知下载好的文件格式解压如下（注：文件必须是6720个dicom，如果少了，说明网络中断导致文件没下载全，需要重新下载。）：
事先在每个subject里存好每个步骤对应路径（可以用程序在每个人对应路径下创建以下文件夹）:
Matlab 配好spm12 环境，输入spm（以下三个窗口都不要随意叉掉，后面要用到）
Dicom import
文件输出选中6720个文件
文件输出保存路径
（如果点错了，想要重选，点击红框以选中路径，文件路径就会消失，重选即可）
选好后点击done:
想要批量处理，可以先直接把第一个没加文件的Module List复制
想要批量处理，可以先直接把第一个Module List 复制
显示处理进度，耗时5分钟
有时候源文件生出结果只有一个文件，这个subject是不可用的，
2. DICOM -> NIFTI格式 输出s开头文件
原始的多个dicm文件得到140的nii文件
3. 时间层校正Slice Timing 输出as开头文件
Number pf slice: 48
TR: 3
TA: 3-3/48
Slice order：输入修改参数 1:2:47 2:2:48
Reference Slice：输入47
选择上一步骤的140个文件，设置参数后运行。
4. 头动校正Realignment 输出ras开头文件
输入上一步骤得到的140个文件，没有参数设置，直接运行
运行后会得到如下头动文件，自行记录和判定即可。
得到的中间图查看是否符合规范
5. 归一化Normalize 输出w开头文件
修改Voxel sizes—[改为3 3 3]
6. 平滑Smooth 输出sw开头文件
将默认的[8,8,8],改成[6,6,6]
7. 配准Co-register reslice
选择Coregister（Reslice）
然后点击运行。运行完成后，将得到的rswaf开头的130个新文件。
8. 提取ROI
在matlab里输入dpabi，运行dpabi。在出现的可视化操作界面中，按下图顺序点击按钮
在出现的界面中，点击Add image 添加rswaf开头的187个文件
点击Define ROI 选择AAL atlas，然后点OK
然后点击Output Dir 来修改输出路径，接着点击Extract
运行完成后，在定义的输出路径下有130*7=910个文件
其中ROISignals开头的（130*2个文件）就是需要的fmri时间序列文件，
共包含txt和mat两种格式，两种格式文件所存内容一致，只是文件格式不一样。
ROISignals开头的每个mat文件，储存了1×116的矩阵，表示该时间点下，116个脑区各自的数值。将130个mat文件按顺序组合成130*116的矩阵（可用matlab批处理完成），即是最终的数据矩阵。
AAL模板中 前90个为大脑脑区，研究中使用较多。后26个为小脑脑区，研究中使用较少。
