小动物主动跑轮和被动跑轮在运动方式、实验目的和设计构造方面上是有区别的。

运动方式不同。主动跑轮是由动物自主运动来推动跑轮转动的。这种设置可以真实地反映动物自发的运动情况。相对地，被动跑轮则是一种强迫运动的方式，通常由电机带动跑轮转动从而促使动物进行运动。

实验目的不同。主动跑轮主要用于研究动物的生活节律以及自发的活动行为。通过记录动物长期活动的信息，如转数和总行程，研究人员可以分析动物的行为模式。而被动跑轮通常用于疲劳造模或特定的生理实验，其设计基于动物的攀爬行为，以评估动物在被迫运动状态下的生理反应。

设计构造不同。主动跑轮系统包括转轮组件、笼体和转动方向速度传感器等部分构成，能够监测并记录动物运动的多种参数。而被动跑轮系统则可能包含悬挂窗口以便放入或移除动物，并且可以设置运动时间和休息时间。

总的来说，主动跑轮更多地被用来研究动物的自然行为，而被动跑轮则可能用于特定的实验目的，两者在运动方式等方面存在明显差异。