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分享一篇使用分子动力学轨迹研究速率过程和执行温度程序化分子动力学计算的工具包：TPMD toolkit 。

感谢论文的原作者！

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主要内容

“ 以工具包的形式提供了分析分子动力学 (MD) 轨迹中的状态到状态转换所需的一组基本组件。该工具包可用于 (a) 确定系统的长期状态，(b) 通过列出参与跃迁的原子确定从一种状态跃迁到另一种状态的机制，以及 (c) 计算与速率相关的动力学参数过程，例如，速率常数和 Arrhenius 参数。此外，该工具包可以使用程序升温 MD (TPMD) 方法研究罕见的动力学。讨论了用两个原型系统获得的结果，即 LiFePO 4 中的Ag 三聚体扩散和 Li 扩散，以说明该工具包的应用。”——取自文章摘要。

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Figure 1

Figure 2

Figure 3

Figure 4

Figure 5

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