8. 基础知识

此部分描述了如何使用 LAMMPS 为用户和开发人员执行各种任务。术语表页面还列出了 MD 术语，以及相应 LAMMPS 手册页的链接。 LAMMPS 源代码分发的 examples 目录中包含的示例输入脚本以及示例脚本页面上突出显示的示例输入脚本还展示了如何设置和运行各种模拟。

8.1.通用基础知识

8.2. 设置入门

8.2.1.二维模拟

8.2.2.类型标签

8.2.3.三斜（非正交）模拟盒子

8.2.4.恒温器

8.2.5.恒压器 

8.2.6.Walls墙

8.2.7.NEMD 模拟 

 非平衡分子动力学（Non-equilibrium molecular dynamics）或 NEMD 模拟通常用于测量流体的流变特性，例如粘度。在 LAMMPS 中，可以通过首先设置非正交模拟框来执行此类模拟（请参阅前面的 Howto 部分）。

通过使用 fix deform 命令，可以将剪切应变以所需的应变率应用于模拟框。 fix nvt/sllod  命令可用于恒温剪切流体并对系统的 SLLOD 运动方程进行积分。 Fix nvt/sllod 使用 compute temp/deform 通过减去剪切原子的流动速度来计算热温度。流体的速度分布或其他属性可以通过fix ave/chunk  命令进行监控。

注：

Daivis 和 Todd 最近（2017 年）出版的一本书讨论了 SLLOD 方法和非平衡 MD (NEMD) 恒温的一般用途，适用于简单流体和复杂流体，例如流体。分子系统。后者可能很难正确完成。

(Daivis and Todd) Daivis and Todd, Nonequilibrium Molecular Dynamics (book), Cambridge University Press, Nonequilibrium Molecular Dynamics, (2017).

正如上一节关于非正交模拟盒所讨论的，可以应用的倾斜或歪斜量受到 LAMMPS 的限制，计算效率为平行盒长度的 1/2。然而， fix deform 可以连续使盒子变形任意量。正如 fix deform 命令中所讨论的，当倾斜值达到极限时，盒子会翻转到相反的极限，这是周期性空间的等效平铺。然后应变率可以像以前一样继续变化。在长时间的 NEMD 模拟中，这些盒子重塑事件可能会发生多次。

在 NEMD 模拟中，fix deform 的“重新映射”选项应设置为“重新映射 v”，因为fix nvt/sllod假设生成与所应用的剪切应变率一致的速度分布。

通过 fix viscosity 命令提供了另一种计算粘度的方法。

NEMD 模拟还可用于测量流体通过孔隙或通道的传输特性。可以使用 fix flow/gauss 命令执行稳态流动的模拟。